如何将 DICOM 图像转换为 PNG?

Sté*_*ane 5 linux imagemagick image-processing

我有一些从癌症成像档案下载的 DICOM 医学成像文件。我可以将它们从 DICOM 转换为其他几种格式,但正如您将看到的,在大多数情况下,转换无法按预期进行。

这些是我到目前为止想出的各种转换:

  • DICOM 转 netpbm 格式: dctopgm8 000005.dcm 000005.pbm
  • DICOM 转 pnm 格式: dctopnm -byteorder little 000005.dcm 000005.pnm
  • DICOM 转 png 格式: dcm2pnm +on 000005.dcm 000005.png
  • DICOM 转 png 格式(通过 ImageMagick): convert 000005.dcm 000005.png

其中,.pbm 是唯一一种似乎能产生很好结果的文件。它看起来像这样:

.pbm 文件

.pnm 看起来像这样,这不是一个倒像,但不知何故看起来不对:

.pnm文件

两个 .png 转换看起来像这样,这是一个非常褪色的图像,可能是由于 alpha 通道、伽马或...的问题?

png 文件

问题是我需要这些是 PNG,而不是 PBM。虽然我可以添加从 PBM 到 PNG 的额外转换,但我宁愿调用convert只一次并在单个命令中完成完整的转换。

任何人都知道我在调用dcm2pnm或 ImageMagick 时可能缺少哪些参数convert以使图像看起来像预期的那样?


编辑:包括示例 .dcm 图像: 000005.dcm

小智 -1

如果您可以使用 GIMP https://www.gimp.org/,您可以轻松打开图像并导出为其他格式。

为什么它不能与您的转换器一起使用是另一个问题。我遇到了同样的问题(不是这种格式或转换器),转换器期望源图像具有不同的位数(8 位与 16 位)

  • 不,GIMP 不起作用,我有数千张图像需要转换。当我在 DICOM 文件上使用 GIMP 时,它会像我在问题中发布的 .pnm 转换示例一样打开它们,其中图像奇怪地反转。 (3认同)