通过 SSH 激活 conda 环境

Question

我在 Azure 上有一个虚拟机，在 ssh 之后我可以运行 Conda 和 python：

conda activate py36
python some_script.py

要通过 SSH 从我的计算机运行这些命令，我​​需要提供 Conda 的完整路径：

ssh ${USER}@${IP} "/data/anaconda/envs/py35/bin/conda activate py36; python some_script.py"

但我收到此错误：

CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.
To initialize your shell, run

    $ conda init <SHELL_NAME>

Currently supported shells are:
  - bash
  - fish
  - tcsh
  - xonsh
  - zsh
  - powershell

See 'conda init --help' for more information and options.

IMPORTANT: You may need to close and restart your shell after running 'conda init'.

然而，运行的 shell 是bash：

$ sshb ${USER}@${IP} echo $SHELL
/bin/bash

如何通过SSH远程激活conda环境？

Answer 1

编辑：在解决这个问题的过程中，我发现conda init创建了一个名为“conda”的函数，它对 conda 可执行文件进行了伪装。看type conda。这允许它在当前 shell 中设置环境变量。这很重要，因为它会导致问题的发生。

当您通过 ssh 运行命令时，它不会运行设置此condabash 函数的 ~/.bashrc。

所以我给你的最终答案是

ssh ${USER}@${IP} ". ~/.bashrc ; conda activate py36; python some_script.py"

. ~/.bashrc如果您之前已经运行过，只需获取提供 conda 函数的 ~/.bashrc 即可conda init。

旧答案

我建议你用激活和Python代码制作一个shell脚本

# job.sh
conda activate py36
python some_script.py

使可运行chmod +x job.sh

然后使用以下命令远程运行：

ssh ${USER}@${IP} bash -l "<relative path to script on remote machine>"

bash -l使它成为一个登录外壳，它还允许您使用您的.bash_profile或，.bashrc这意味着您不需要提供完整路径。

如果您绝对需要单个命令，请使用heredoc。

ssh ${USER}@${IP} bash -l <<HERE
conda activate py36
python some_script.py
HERE

我也尝试了其他方法，但 bash 在命令分离中保留环境变化的方式似乎存在一些问题。Conda activate 设置各种环境变量（以 CONDA 和 PATH 变量为前缀）。