小编sna*_*ape的帖子

我正在尝试使用apply/ mapply/ lapply/ sapply或任何其他方式来矢量化我的嵌套for循环代码以减少运行时间.我的代码如下:

for (i in 1:dim){
 for (j in i:dim){ 
  if(mydist.fake[i,j] != d.hat.fake[i,j]){
    if((mydist.fake[i,j]/d.hat.fake[i,j] > 1.5)|(d.hat.fake[i,j]/mydist.fake[i,j]>1.5)){
        data1 = cbind(rowNames[i],rowNames[j], mydist.fake[i,j], d.hat.fake[i,j], 1)
        colnames(data1) = NULL
        row.names(data1) = NULL
        data = rbind(data, data1)
    }else{
        data1 = cbind(rowNames[i],rowNames[j], mydist.fake[i,j], d.hat.fake[i,j], 0)
        colnames(data1) = NULL
        row.names(data1) = NULL
        data = rbind(data, data1)
        }
      }
    }  
  }
write.table(data, file = "fakeTest.txt", sep ="\t", col.names = FALSE, row.names = FALSE)

• rowNames是所有数据点的rownames的向量
• data 是一个数据帧
• mydist.fake并且d.hat.fake是距离矩阵(其中对角线为零并且上三角和下三角的值相同)因此,对下三角的横向感兴趣(也留下对角线的值).
• 两个矩阵的尺寸是相同的. …

我有一个100*8的数据矩阵,其中每一行是8个不同时间点的值向量.我很想知道如何在R中绘制下面的矩阵以使图形与下面的图形非常相似:

这是我的数据矩阵的一个例子.

           1    2        3     4    5    6    7      8
line1     0.22  0.075  0.35  0.89   0   0.35  0.42  2.34   
line2      0    0.47   0.89  2.51   0   0.36  1.14  2.09
line3     1.22  0.075  0.35  0.89   0   0.35  0.42  1.34
line4     2.22  0.75   0.45  0.99   0   0.54  0.24  2.34
line5     3.22  0.275  0.55  0.819  0   0.25  0.34  2.34

任何帮助或建议将受到高度赞赏.谢谢.