小编use*_*175的帖子

我试图创建一个读取fasta文件"seqs.fa"的python程序,并让程序按名称顺序对序列进行排序.

Fasta文件如下所示:

>seqA - human
GCTGACGTGGTGAAGTCAC
>seqC - gorilla
GATGACAA
GATGAAGTCAG
>seqB - chimp
GATGACATGGTGAAGTAAC

我的程序看起来像这样:

import sys

inFile = open(sys.argv[1], 'r')
a = inFile.readlines()
a.sort()
seq = ''.join(a[0:])
seq = seq.replace('\n', "\n")
print seq

预期结果:

>seqA - human
GCTGACGTGGTGAAGTCAC
>seqB - chimp
GATGACATGGTGAAGTAAC
>seqC - gorilla
GATGACAAGATGAAGTCAG

我的结果:

>seqA - human
>seqB - chimp
>seqC - gorilla
GATGACAA
GATGAAGTCAG
GATGACATGGTGAAGTAAC
GCTGACGTGGTGAAGTCAC

最后四行是大猩猩,黑猩猩和人类序列,大猩猩序列分为前两行.

任何人都可以给我一些关于如何排序或解决问题的方法的提示？