小编A5C*_*2T1的帖子

optimx()是否提供了错误的解决方案,或者我错过了一个简单的观点？谢谢!

我试图最大化一个非常简单的可能性.在参数上未指定F的分布的意义上,这是非参数似然性.相反,对于每个观察到的xi,f(xi)=pi因此log(Likelihood)=Sum(log(f(xi)))=Sum(log(pi)).

我试图最大化的函数是:sum(log(pi))+lamda(sum(pi-1)) where sum(pi)=1(即这是一个约束最大化问题,可以使用拉格朗日乘数来解决).

这个问题的答案是数据点的数量pi=1/n在哪里n.但是,optimx似乎没有给出这个解决方案.有没有人有任何想法.如果n=2,我正在最大化的功能是log(p1)+log(p2)+lamda(p1+p2-1).

这是我的代码和R的输出:

n=2
log.like=function(p)
{
  lamda=p[n+1]
  ll=0
  for(i in 1:n){
    temp = log(p[i])+lamda*p[i]-lamda/(n)
    ll=ll+temp
  }
  return(-ll)
}


mle = optimx(c(0.48,.52,-1.5),
             log.like,
             lower=c(rep(0.1,2),-3),
             upper=c(rep(.9,2),-1),
             method = "L-BFGS-B")

> mle
             par  fvalues   method fns grs itns conv  KKT1 KKT2 xtimes
1 0.9, 0.9, -1.0 1.010721 L-BFGS-B   8   8 NULL    0 FALSE   NA      0

等式的解决方案n=2是p1=p2=1/2和lamda=-2.但是,使用optimx时我没有得到这个.任何的想法？

我试图绘制两个变量:Eeff vs Neff使用格子包的xyplot函数.我想知道如何在这个散点图中添加一条线(这是普通R图形系统中的abline函数).

xyplot(Neff ~ Eeff, data = phuong,
       xlab = "Energy efficiency (%)", 
       ylab = "Nitrogen efficiency (%)")

我想使用R将具有非唯一rownames的表中的数值数据汇总到具有唯一行名的结果表,其中值使用自定义函数进行汇总.摘要逻辑是:如果最大值与最小值的比率<1.5,则使用值的均值,否则使用中值.因为表非常大,我试图在reshape2包中使用melt()和cast()函数.

# example table with non-unique row-names
tab <- data.frame(gene=rep(letters[1:3], each=3), s1=runif(9), s2=runif(9))
# melt
tab.melt <- melt(tab, id=1)
# function to summarize with logic: mean if max/min < 1.5, else median
summarize <- function(x){ifelse(max(x)/min(x)<1.5, mean(x), median(x))}
# cast with summarized values
dcast(tab.melt, gene~variable, summarize)

上面的最后一行代码会导致错误通知.

Error in vapply(indices, fun, .default) : 
  values must be type 'logical',
 but FUN(X[[1]]) result is type 'double'
In addition: Warning messages:
1: In max(x) : no non-missing arguments to max; returning -Inf …

我有一个数据框,其中一列为日期/时间(内部存储为数字),其他列为数字/整数,我想根据日期/时间绘制数据.

使用以下内容填充数据框中的日期/时间.

as.POSIXct(strptime(time, '%H:%M:%S %p %m/%d/%Y',tz='GMT')) 

class(table$time)是numeric.

1. 如何绘制x轴中的数据并将其显示为某种格式的可读日期时间.
2. 如何绘制行,而不是所有的行例的子集:行之间dateTime1以及dateTime2地方dateTime1和dateTime2在一定的格式给定的日期.

我偶尔需要根据其中一个变量的值从data.frame中提取特定的行.R具有maximum(which.max())和minimum(which.min())的内置函数,可以让我轻松地提取这些行.

中位数是否等价？或者我最好还是写自己的功能？

这是一个示例data.frame以及我将如何使用which.max()和which.min():

set.seed(1) # so you can reproduce this example
dat = data.frame(V1 = 1:10, V2 = rnorm(10), V3 = rnorm(10), 
                 V4 = sample(1:20, 10, replace=T))

# To return the first row, which contains the max value in V4
dat[which.max(dat$V4), ]
# To return the seventh row, which contains the min value in V4
dat[which.min(dat$V4), ]

对于这个特定的例子,由于存在偶数个观察,我需要返回两行,在这种情况下,行2和10.

更新

似乎没有内置功能.因此,使用Sacha的回复作为起点,我写了这个函数:

which.median = function(x) {
  if (length(x) …

我有一个叫做数据的数据框.我想创建一个函数f(data,collist).此函数从数据本身获取数据和列列表,并仅返回数据中的那些行,其中collist中提到的列名称不是NA.我知道它可以使用for循环完成,但我想在不使用for循环的情况下完成它.

另外,如果R中通常更有效,以避免循环,请告诉我.

这是一个例子:

 A   B   C   D
 1   2  NA  NA
 2  NA  NA  NA
NA   3   7   5
NA   4   2  NA
 5   6  NA  NA

如果collist包含B和C,则将返回行号为1,3,4的简化数据帧.原因是B或C或两者在第2行和第5行都有NA.我想要一个函数,因为我将使用这个操作很多次.通过这个问题,我将学习一些新的R技巧,以及让我的整个程序更优雅.谢谢.

我有一个数据框df,有很多cols,说100行.

如何从名称为"alpha","gamma"和"zeta"的列中获取所有级别值,并将其中的300个存储在单个向量中？

这是一些示例数据:

dat="x1 x2 x3 x4 x5
1   C  1 16 NA 16
2   A  1 16 16 NA
3   A  1 16 16 NA
4   A  4 64 64 NA
5   C  4 64 NA 64
6   A  1 16 16 NA
7   A  1 16 16 NA
8   A  1 16 16 NA
9   B  4 64 32 32
10  A  3 48 48 NA
11  B  4 64 32 32
12  B  3 48 32 16"

data<-read.table(text=dat,header=TRUE)   
aggregate(cbind(x2,x3,x4,x5)~x1, …

在Windows 7上运行

rterm < foo.r > temp.txt

输出文件以:

R version 3.0.1 (2013-05-16) -- "Good Sport"
Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

和进一步的文字.

如何抑制此消息？我没有看到在Rprofile.site文件中执行此操作的选项.当然我可以使用另一个程序删除输出文件的前N行,但是抑制启动消息更优雅吗？

将以下向量放入data.table以及每个数字的索引的最佳方法是什么？

nVector <- c("20 37", "38 23", "39 48", "45 76", "65 44", "86 95 80")

这是我的,有更好的方法吗？

vLength <- unname(sapply(nVector, function(x) length(unlist( strsplit(x, " "))) ))
vSeq <- seq(1, length(vLength))
vPosition <- vector("list", length(vLength))

for(i in 1:length(vLength))
{
  vPosition[[i]] <- rep(vSeq[i], vLength[i])
}

DT <- data.table(index = unlist(vPosition),
                 value = unlist(strsplit(nVector, " ")))

注意:向量的长度约为125k,并且有大约2000万个值.