小编All*_*ron的帖子

有没有办法在 ggplot2 中沿着密度线放置文本，或者就此而言，沿着任何路径放置文本？我的意思是一次作为标签，采用这种 xkcd 风格：1835、1950（中间面板）、1392或2234（中间面板）。或者，有没有办法让该行重复文本，例如xkcd #930？我对所有 xkcd 表示歉意，我不确定这些样式叫什么，这是我能想到的唯一一个我以前见过的以这种方式区分区域的地方。

注意：我不是在谈论手绘的 xkcd 风格，也不是在顶部放置平面标签

我知道我可以放置一段笔直/平坦的文本，例如 viaannotate或geom_text，但我很好奇弯曲此类文本，使其看起来沿着数据的曲线。

我也很好奇这种文本风格有名字吗？

ggplot2 图表示例使用annotate(...)：

上面的示例图在 Inkscape 中用弯曲文本修改：

编辑：根据要求，这是 3 月和 4 月前两次试运行的数据：

df <- data.frame(
  monthly_run = c('March', 'March', 'March', 'March', 'March', 'March', 'March', 
                  'March', 'March', 'March', 'March', 'March', 'March', 'March', 
                  'April', 'April', 'April', 'April', 'April', 'April', 'April', 
                  'April', 'April', 'April', 'April', 'April', 'April', 'April'),
  duration    = …

使用 mtcars 实现可重复性

（这是一个行操作）。我想根据它们的大小连续保留 3 个值（所以基本上前 3 个值将具有价值，其余的一切都更改为 NA）

我尝试使用 pivot_longer 转换为 long 然后过滤，但问题是我想再次转换为宽，因为我想保留数据的结构。

   mtcars %>% 
    pivot_longer(cols = everything()) %>% 
    group_by(name) %>% top_n(3) 

3 行 mtcars 上的示例输出

注意：在 mtcars 中，所有 3 行都具有与非 NA 相同的列名值，但在原始数据集中会有所不同。（最好是tidyverse解决方案）

我在协调情节中不同元素的大小方面遇到了一些麻烦。具体来说，我希望注释的大小与 y 轴标题的大小相同。

然而，以下代码会产生不同的大小：

library(ggplot2)
test_data <- data.frame(x = c(1), y = c(1))
ggplot(test_data) +
  geom_point(aes(x = x, y = y)) +
  theme_bw(base_size = 14) +
  annotate("text", label = "A", x = 0.975, y = 1.025, size = unit(14, "pt")) +
  ylab("Why not the same size?") +
  theme(axis.title.y = element_text(size = unit(14, "pt")))

是什么赋予了？

我正在尝试使用 R 和 package 定制竞争风险图cmprsk。具体来说，我想覆盖默认情况，即对于竞争事件使用颜色，对于不同组使用线型。

这是我的可重现的示例：

library(ggplot2)
library(cmprsk)
library(survminer)

# some simulated data to get started
comp.risk.data <- data.frame("tfs.days" = rweibull(n = 100, shape = 1, scale = 1)*100,
                             "status.tfs" = c(sample(c(0,1,1,1,1,2), size=50, replace=T)),
                             "Typing" = sample(c("A","B","C","D"), size=50, replace=T))

# fitting a competing risks model
CR <- cuminc(ftime = comp.risk.data$tfs.days, 
             fstatus = comp.risk.data$status.tfs, 
             cencode = 0,
             group = comp.risk.data$Typing)

# the default plot makes it impossible to identify the groups
ggcompetingrisks(fit = CR, multiple_panels = F, xlab = …

如何在函数内使用highcharter :: hchart？

这是一个使用该hchart函数的简单折线图。

library(tidyverse)
library(lubridate)
library(highcharter)
library(nycflights13)

flights_2 <- flights %>% 
  mutate(dep_mo = ymd(str_c(year, month, "01", sep = "-"))) %>% 
  group_by(dep_mo) %>% 
  summarize(arr_delay = mean(arr_delay, na.rm = TRUE))

hchart(flights_2, 
       type = "line", 
       hcaes(x = dep_mo, y = arr_delay), 
       name = "Average Arrival Delay")

当我尝试编写一个函数来创建相同的图形时，出现错误。

h_fun <- function(df, x, y) {
  hchart(df, 
         type = "line",
         hcaes(x = x, y = y),
         name = "Average Arrival Delay"
         )
 }

 h_fun(df = flights_2, x = dep_mo, y = …

我有一个包含两个不同变量的条形图。\n对于其中一个因素 (gr)，我在图中选择了不同的 \xc2\xb4lintype\xc2\xb4。\n“gr”的图例显示 \xc2\xb4lintype\xc2 \xb4 但用深灰色填充，我认为这很令人困惑。

有谁知道如何去除填充或将其更改为白色或透明？
\n（我发现的所有提示仅更改图例的背景，但不影响灰色填充）

    yval <- c(3, 7, 4, 4, 8, 9, 4, 7, 9, 6, 6, 3)\ntrt <- rep(c("A", "B", "C"), times=4)\ngr <- rep(c(rep(("case"), times = 3), rep(("control"), times = 3)), times = 2)\nvar <- c(rep(("var1"), times = 6), rep(("var2"), times = 6))  \ndf <- data.frame(yval, device, ccgroup, var)\n\nggplot(data=df, aes(x=var)) +\n  geom_bar( color = "black", size = 1, aes(weights = yval, fill = trt, linetype = gr) , position = "dodge")\n

问题：

我有一个名为“New_Acoustic_Parameters”的数据框，其中包含七个变量（请参阅下面的数据结构），我想生成描述性统计的汇总表（平均值、标准差、标准误差、最小值、最大值、q25、q75、和变异系数 - CV），使用 dplyr 包以及select和summarize函数。我的目标是生成一个类似于下图的表格。

我尝试了许多不同的方法来使用不同的变体编写此代码，并且我尝试遵循 StackOverflow 上针对问题给出的其他解决方案，但这对我不起作用。我感觉很困惑！当我运行下面的代码时，没有任何反应。

有人可以帮忙吗？

如果有人可以提供帮助，非常感谢。

数据结构：

$ ID               : int  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
 $ Low.Freq         : num  7278 3965 4888 3639 12948 ...
 $ High.Freq        : num  11351 6897 6626 5248 15549 ...
 $ Peak.Freq        : num  10767 4221 5943 4048 13867 ...
 $ Delta.Freq       : num  4073 2933 1738 1609 2600 ...
 $ …

我有一个像这样的数据框：

   ID Var1 Var2 Month BeforeAfter
1   1   23    4     1       FALSE
2   1   41    5     2       FALSE
3   1   32    2     3       FALSE
4   1   58    1     4        TRUE
5   1   60    7     5        TRUE
6   2   12    3     1       FALSE
7   2   34    4     2       FALSE
8   2   55    5     3        TRUE
9   2   49    5     4        TRUE
10  2   60    6     5        TRUE
11  2   64    9     6        TRUE

我想创建一个图（例如ggplot）来显示 的某种处理之前和之后Var1。因此，我希望治疗时间/x 轴为 0，并且与治疗相关的月份应在其附近。这些 …

这是一个示例，输出是一个 png 文件hsa04110.gse16873.png。我的问题是如何直接显示绘图而不是将其另存为文件。

library(pathview)
data(gse16873.d)
data(demo.paths)
data(paths.hsa)
pathview(gene.data = gse16873.d[, 1], pathway.id = demo.paths$sel.paths[1],
                   species = "hsa", out.suffix = "gse16873", kegg.native = T)
#> 'select()' returned 1:1 mapping between keys and columns
#> Info: Working in directory D:/github/RNASeq-KEGG
#> Info: Writing image file hsa04110.gse16873.png

有我的数据框

Days,Observed,Simulated
0,0,424.8933328
1,1070,1116.781453
2,2360,2278.166227
3,3882,3854.781359
4,5712,5682.090936
5,7508,7565.230044
6,9126,9343.991798
7,10600,10919.17995
8,11893,12249.07067
9,13047,13332.93044
10,14022,14193.53941
11,14852,14863.84784
12,15480,15378.56415
13,16042,15769.6773
14,16362,16064.57556
15,16582,16285.66038
16,16766,16450.70955
17,16854,16573.54275
18,16854,16664.74816

这是我的代码，希望我没有错过一些信息

dt <- read.csv('data.csv')
days <- dt$Days
Observed <- dt$Observed
Simulated <- dt$Simulated

require(ggplot2)
R <- ggplot(dt, aes(x = days))+geom_line(y=Simulated, color="red", size=0.5)+
  geom_point(y=Observed, color="midnightblue", size=1.75)
a <- geom_line(aes(y = Simulated, col='Simulated'))
n <- geom_point(aes(y = Observed, fill = "Observed"), col='blue')
c <- ggtitle("2.5kg of Placenta & 0.5kg of seed") 
h <- labs(x = 'Time(Days)', y = "Cumulative Biogas Yield(ml)", …

我有一个数据框，它有十进制格式的日期和时间列日期时间是当前格式，预期格式是这样的

   Date Time      Expected format
1  43824.838  2019-12-27 20:06:43
2  43824.842  2019-12-27 20:12:28
3  43824.846  2019-12-27 20:18:14
4  43824.850  2019-12-27 20:24:00
5  43824.854  2019-12-27 20:29:45
6  43824.858  2019-12-27 20:35:31
7  43824.863  2019-12-27 20:42:43
8  43824.867  2019-12-27 20:48:28

使用以下十进制日期时间：

c(43824.838, 43824.842, 43824.846, 43824.85, 43824.854, 43824.858, 43824.863, 43824.867)

我想我已经被派到这里接受培训了。

library(caret)
library(mlbench)
library(plotROC)
library(pROC)

data(Sonar)
ctrl <- trainControl(method="cv", 
                     summaryFunction=twoClassSummary, 
                     classProbs=T,
                     savePredictions = T)
rfFit <- train(Class ~ ., data=Sonar, 
               method="rf", preProc=c("center", "scale"), 
               trControl=ctrl)
    
# Select a parameter setting
selectedIndices <- rfFit$pred$mtry == 2

我想绘制 ROC。

plot.roc(rfFit$pred$obs[selectedIndices],
         rfFit$pred$M[selectedIndices])

然而，当我尝试 ggplot2 方法时，它给了我完全不同的东西。

g <- ggplot(rfFit$pred[selectedIndices, ], aes(m=M, d=factor(obs, levels = c("R", "M")))) + 
  geom_roc(n.cuts=0) + 
  coord_equal() +
  style_roc()

g + annotate("text", x=0.75, y=0.25, label=paste("AUC =", round((calc_auc(g))$AUC, 4)))

我在这里做了一些非常错误的事情，但我不知道它是什么。谢谢。