小编Lam*_*mma的帖子

有没有办法使用 sbatch 提交作业以将作业 id 记录到变量中？

job_id = sbatch --account my_account some_script.sh

echo $job_id

17210254

如何让 Snakemake 激活我的环境列表中已存在的 conda 环境？

我知道您可以将其--use-conda与.yaml环境文件一起使用，但这似乎会生成一个新环境，当环境已经存在时，这会很烦人。任何对此的帮助将不胜感激。

我尝试过使用：

conda:
    path/to/some/yamlFile

但它只是返回环境中包的命令未找到错误

我试图循环遍历目录中的所有 html 文件，但收到此错误：

NotImplementedError: Non-relative patterns are unsupported

我正在使用的代码是：

from bs4 import BeautifulSoup
import argparse
from pathlib import Path

parser = argparse.ArgumentParser(description = ("Script to scrape data from antismash html output"))

parser.add_argument("-p", "--path", help = "give path/to/directory containing antismash outputs", required = True)

args = parser.parse_args()

for file in Path(args.path).glob("/*.html"):
    def scraper(filename):
        soup = BeautifulSoup(open(filename), 'html.parser')
        soup.findAll('a') > os.path.basename(filename).txt

我以前使用过相同的方法，但没有收到错误，所以我不确定发生了什么。