我尝试使用snakemake从RNA-seq管道构建DAG或规则图会导致来自graphviz的错误消息。'错误：：'文件'附近第 1 行存在语法错误。
可以通过注释掉两个没有可见语法错误的打印命令来纠正该错误。我尝试在 Notepad++ 中将脚本从 UTF-8 转换为 Ascii。Graphviz 似乎对这两个特定的打印语句有问题，因为管道脚本中还有其他打印语句。尽管错误很容易纠正，但它仍然很烦人，因为我希望同事能够轻松地为他们的出版物构建这些图表，并且打印语句告知他们工作流程中发生的情况。我的管道由一个蛇文件和多个规则文件以及一个配置文件组成。如果有问题的行在 Snakefile 中被注释掉，那么 graphviz 就会对规则脚本中的另一行提出问题。
#######Snakefile
!/usr/bin/env Python
import os
import glob
import re
from os.path import join
import argparse
from collections import defaultdict
import fastq2json
from itertools import chain, combinations
import shutil
from shutil import copyfile
#Testing for sequence file extension
directory = "."
MainDir = os.path.abspath(directory) + "/"
## build the dictionary with full path for each for sequence files
fastq=glob.glob(MainDir+'*/*'+'R[12]'+'**fastq.gz')
if len(fastq) > 0 :
print('Sequence file extensions …我正在使用 slurm 的 HPC 上运行一条蛇形管道。管道相当长，包含约 22 个步骤。定期，snakemake 在尝试提交作业时会遇到问题。这导致错误
sbatch: error: Batch job submission failed: Socket timed out on send/recv operation
Error submitting jobscript (exit code 1):
我通过带有以下蛇形调用的 sbatch 文件运行管道
snakemake -j 999 -p --cluster-config cluster.json --cluster 'sbatch --account {cluster.account} --job-name {cluster.job-name} --ntasks-per-node {cluster.ntasks-per-node} --cpus-per-task {threads} --mem {cluster.mem} --partition {cluster.partition} --time {cluster.time} --mail-user {cluster.mail-user} --mail-type {cluster.mail-type} --error {cluster.error} --output {cluster.output}'
这不仅会导致snakemake sbatch 作业的输出，还会导致snakemake 创建的作业的输出。上述错误出现在 sbatch 文件的 slurm.out 中。
错误指示的特定作业步骤将成功运行，并给出输出，但管道失败。作业步骤的日志显示作业 ID 运行没有问题。我在谷歌上搜索了这个错误，它似乎经常在 slurm 中发生，尤其是当调度程序处于高 IO 时，这表明这将是不可避免且经常发生的。我希望有人遇到过这个问题，并且可以提供解决方法的建议，这样整个管道就不会失败。