我正在尝试在R中编写一个函数,以类似的方式批量分析大量文件.这些文件属于类ExpressionSetIllumina.我可以创建一个字符(字符串)向量,其中包含目录中所有文件的名称,并加载每个文件:
list = list.files()
for (i in list[1]) {
load(i)
}
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
这会正确加载文件
> ls()
[1] "i" "list" "SSD.BA.vsn"
> class(SSD.BA.vsn)
[1] "ExpressionSetIllumina"
attr(,"package")
[1] "beadarray"
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
我现在要做的是使用i(字符串"SSD.BA.vsn")将对象分配SSD.BA.vsn给新的对象数据,以便:
>data = SomeFunction(i)
>class(data)
[1] "ExpressionSetIllumina"
attr(,"package")
[1] "beadarray"
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
但是到目前为止我所尝试的只是将数据作为与i相同值的字符向量返回,或者根本不起作用.所以我想知道是否有一个功能可以为我做,或者我是否需要以其他方式去做.
我将一个对象或变量的名称存储为字符向量中的字符串.如何使用字符串对象名称对对象执行某些操作?
如果我遗漏了一些明显的东西,我表示歉意。在过去的几天中,我非常享受使用R界面使用h2o的乐趣。我想通过绘制ROC来评估我的模型,例如一个随机森林。该文档似乎暗示有一种简单的方法可以做到这一点:
解释DRF模型
- 默认情况下,显示以下输出:
- 模型参数(隐藏)
- 评分历史记录(树木数量与培训MSE)
- ROC曲线图(TPR与FPR)
- 重要性变化图...
我也看到在python中可以在这里应用roc函数。但是我似乎无法找到在R接口中执行相同操作的方法。目前,我正在使用h2o.cross_validation_holdout_predictions从模型中提取预测,然后使用R中的pROC软件包绘制ROC。但是我希望能够直接从H2O模型对象,或者也许从H2OModelMetrics对象执行此操作。
非常感谢!