我有一个带有蛋白质登录号的数据集 (DataGranulomeTidy)。我在 r 中编写了一个函数 (extractInfo) 来从 ncbi 网站上抓取这些蛋白质的一些信息。当我在一个简短的“for”循环中运行它时,该函数按预期工作。
DataGranulomeTidy <- tibble(GIaccessionNumber = c("29436380", "4504165", "17318569"))
extractInfo <- function(GInumber){
tempPage <- readLines(paste("https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sviewer/viewer.fcgi?id=", GInumber, "&db=protein&report=genpept&conwithfeat=on&withparts=on&show-cdd=on&retmode=html&withmarkup=on&tool=portal&log$=seqview&maxdownloadsize=1000000", sep = ""), skipNul = TRUE)
tempPage <- base::paste(tempPage, collapse = "")
Accession <- str_extract(tempPage, "(?<=ACCESSION).{3,20}(?=VERSION)")
Symbol <- str_extract(tempPage, "(?<=gene=\").{1,20}(?=\")")
GeneID <- str_extract(tempPage, "(?<=gov/gene/).{1,20}(?=\">)")
out <- paste(Symbol, Accession, GeneID, sep = "---")
return(out)
}
for(n in 1:3){
print(extractInfo(GInumber = DataGranulomeTidy$GIaccessionNumber[n]))
}
[1] "MYH9--- AAH49849---4627"
[1] "GSN--- NP_000168---2934"
[1] "KRT1--- NP_006112---3848"
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当我在 dplyr 管道中使用相同的功能时,我不起作用,我无法弄清楚为什么。
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