我正在使用seaborn.clustermap 中的分层聚类来对我的数据进行聚类。这可以很好地可视化热图中的集群。但是,现在我想提取分配给不同集群的所有行值。
这是我的数据的样子:
import pandas as pd
# load DataFrame
df = pd.read_csv('expression_data.txt', sep='\t', index_col=0)
df
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
log_HU1 log_HU2
EEF1A1 13.439499 13.746856
HSPA8 13.169191 12.983910
FTH1 13.861164 13.511200
PABPC1 12.142340 11.885885
TFRC 11.261368 10.433607
RPL26 13.837205 13.934710
NPM1 12.381585 11.956855
RPS4X 13.359880 12.588574
EEF2 11.076926 11.379336
RPS11 13.212654 13.915813
RPS2 12.910164 13.009184
RPL11 13.498649 13.453234
CA1 9.060244 13.152061
RPS3 11.243343 11.431791
YBX1 12.135316 12.100374
ACTB 11.592359 12.108637
RPL4 12.168588 12.184330
HSP90AA1 10.776370 10.550427
HSP90AB1 11.200892 11.457365
NCL 11.366145 11.060236
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然后我使用seaborn执行聚类,如下所示:
fig …Run Code Online (Sandbox Code Playgroud) 我希望在 seaborn.violinplot 中有越来越透明的小提琴。我尝试了以下方法:
import seaborn as sns
tips = sns.load_dataset("tips")
ax = sns.violinplot(x="day", y="total_bill", data=tips, color='r', alpha=[0.8, 0.6, 0.4, 0.2])
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
Which does not result in the desired output: