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是否可以在testthat测试或run_examples()中使用R包数据?

我正在开发一个R包,使用devtools,testthat和roxygen2.我在数据文件夹(foo.txt和bar.csv)中有几个数据集.

我的文件结构如下所示:

/ mypackage
    / data
        * foo.txt, bar.csv
    / inst
        / tests
            * run-all.R, test_1.R
    / man
    / R
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

我很确定'foo'和'bar'是正确记录的:

    #' Foo data
    #'
    #' Sample foo data
    #'
    #' @name foo
    #' @docType data
    NULL
    #' Bar data
    #'
    #' Sample bar data
    #'
    #' @name bar
    #' @docType data
    NULL
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

我想在我的文档示例和单元测试中使用'foo'和'bar'中的数据.

例如,我想通过调用以下方法在我的测试中使用这些数据集:

    data(foo)
    data(bar)
    expect_that(foo$col[1], equals(bar$col[1]))
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

而且,我希望文档中的示例如下所示:

    #' @examples
    #' data(foo)
    #' functionThatUsesFoo(foo)
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

如果我在开发包时尝试调用data(foo),我会收到错误"data set'foo'not found".但是,如果我构建软件包,安装它并加载它 - 那么我可以使测试和示例工作.

我目前的解决方法是不运行示例:

    #' @examples
    #' \dontrun{data(foo)}
    #' \dontrun{functionThatUsesFoo(foo)}
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

在测试中,使用特定于本地计算机的路径预加载数据:

    foo …
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

r devtools roxygen roxygen2

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R 3.0.1包构建警告

我正在Windows机器上使用Rtools30和与RStudio相关联的'Build'工具在R 3.0.1中构建R软件包,我假设它与devtools(最新版本)绑定在一起.我构建包的典型过程是:

  1. 全部加载
  2. Reoxygenize
  3. 构建和重新加载
  4. 校验
  5. 构建源包

如果一切都没有错误或警告,那么我:

    install.packages("foo.tar.gz", repos=NULL, type="source")
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

自升级到R 3.0.1以来,我现在收到此警告:

   Warning in install.packages : 
      foo.tar.gz is not available (for R version 3.0.1)
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

我也在安装之前尝试过,它没有摆脱警告:

    options(install.packages.check.source = FALSE)
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

另外,当我打开devtools库时,我注意到这个警告:

    WARNING: Rtools 3.0 found on the path at c:/Rtools is not compatible with R 3.0.1.
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

这很奇怪,从R> 2.15.1到R 3.0.x,Rtools 3.0被认为是好的

有什么想法发生了什么?

r rstudio

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通过 Rmarkdown 添加 MS Word 注释

有没有办法通过 R 降价文件添加 MS Word“评论”?我正在使用 reference_docx,并且熟悉添加自定义样式......但还没有想出如何让评论显示在这样的一边:

在此处输入图片说明

澄清一下:我想在我的纯文本 Rmd 文件中添加一个标签(或其他什么?),这样当我“编织”生成的 MS Word 文档时,就会有一个呈现的评论。

r r-markdown bookdown

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