大脑想要。我不知道这是否可以用 igraph 解决。基本上:
a.) 根据我的数据,我想为每个 ID 创建 TPM(完成,请参阅示例代码)
b.) 我想为每个 TPM 创建一个有向图
c.) 计算特定节点的介数(在我的例子中是 1 和 5)
d.) 在一个单独的文件中返回基于 id 所需节点的介数
对于超过 1000 个 TPM 的大型数据集,我该如何做到这一点?
一些类似的话题
期望的输出:
数据结构:
示例代码:
Transition matrix creation:
lapply(seq_len(nrow(stack)),
function(i) {
tmp <- trans.matrix(as.matrix(stack[i, 2:6]))
write.csv(tmp, file = paste0(i, ".csv"), quote = FALSE)
})
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
每个 id 的结果 TPM,每个 df 代表每个 id 的 TPM
df1<-structure(list(X1 = c(1, 2, 3, 4), `2` = c(1, 0, 0, 0), `3` = c(0,
1, 0, 0), `4` = c(0, …Run Code Online (Sandbox Code Playgroud) 在下面,数据帧索引表示该值,而 t1:t2 表示该特定值在特定时间点被记录的次数。例如,t1 处的索引 10 等于 1,表明它有 1 个记录;在 t2 处有 4 条记录,整个 t3 和 t4 处只有 1 条记录。我想根据索引列返回 t1:t4 列中的值
输入:
index t1 t2 t3 t4
10 1 4 1 1
20 2 5 1 0
30 3 6 1 0
40 0 0 0 2
Output:
t1 t2 t3 t4
10 10 10 10
20 10 20 40
20 10 30 40
30 10 NA NA
30 20 NA NA
30 20 NA NA
NA 20 NA NA …Run Code Online (Sandbox Code Playgroud) 我想在热图中表示 Dunnett 的测试结果,突出显示组之间的相关性。
输出:
mean.rank.diff pval
EpisodeFourL-EpisodeFiveL -51.418401 0.33175
EpisodeOneL-EpisodeFiveL 38.505311 1.00000
EpisodeSixL-EpisodeFiveL 34.267816 1.00000
EpisodeThreeL-EpisodeFiveL -68.548095 0.07237 .
EpisodeTwoL-EpisodeFiveL -93.324843 0.00504 **
EpisodeOneL-EpisodeFourL 89.923712 0.03094 *
EpisodeSixL-EpisodeFourL 85.686217 0.12094
EpisodeThreeL-EpisodeFourL -17.129694 1.00000
EpisodeTwoL-EpisodeFourL -41.906442 0.60473
EpisodeSixL-EpisodeOneL -4.237495 1.00000
EpisodeThreeL-EpisodeOneL -107.053407 0.00484 **
EpisodeTwoL-EpisodeOneL -131.830154 0.00024 ***
EpisodeThreeL-EpisodeSixL -102.815911 0.03506 *
EpisodeTwoL-EpisodeSixL -127.592659 0.00484 **
EpisodeTwoL-EpisodeThreeL -24.776748 1.00000
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
如何制作“p 值的相关矩阵”,使其看起来如下所示,记录的单元格the mean rank diff由p-values?
谢谢你的时间
我正在努力执行以下步骤:
我是 R 的初学者,但我想编写一段需要一些 R 和数据科学知识的代码。
我有一个具有以下结构的数据框;t1 表示 10 分钟时间段,1 定义测量值。
t1 t2 t3 t4
1 0 0 0
1 1 1 1
0 1 1 1
0 1 1 1
1 0 1 1
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
我想确定每次测量的持续时间和起点。例如,有两个 10 分钟的测量从 t1(第 1 行和第 5 行)开始,有两个 30 分钟的测量从 t2(第 3 行和第 4 行)开始。
输出:
duration_minutes t1 t2 t3 t4
10 2 0 0 0
20 1 0 1 0
30 0 2 0 0
40 1 0 0 0
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有没有办法将计数转换为百分比?
df<-structure(list(t1 = c(1, 1, …Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)