小编dar*_*ber的帖子

是否有任何标准或推荐的方法将版本号添加到管道（在我的例子中用 Snakemake 编写）？

例如，我有这个管道，刚才我添加了一个CHANGELOG.md文件，其中当前版本位于顶部。是否有更好的方法来识别用户正在部署的版本？

tmp.sh即使发送到命名管道的进程失败,以下玩具脚本()也会以代码0退出.如何从命名管道捕获非零退出代码？或者更一般地说,事情出了问题？

#!/bin/bash

set -eo pipefail

mkfifo mypipe
FOOBAR > mypipe &

cat mypipe

运行并检查退出代码:

bash tmp.sh
tmp.sh: line 6: FOOBAR: command not found

echo $? # <- Exit code is 0 despite the "command not found"!

我发现 Snakemake文档非常简洁。因为我被问过几次，所以我想发布这个问题和我自己的答案。

如何在 Snakemake 规则中执行或集成此 R 脚本？

my-script.R

CUTOFF <- 25

dat <- read.table('input-table.txt')

out <- dat[dat$V1 > CUTOFF, ]

write.table(out, 'output-table.txt')

蛇文件：

rule one:
    input:
        txt= 'input-table.txt',
    output:
        out= 'output-table.txt',
    params:
        cutoff= 25,
    # now what?        

我有一个data.frame（data.table实际上是一个）我需要按多列排序。要排序的列的名称在一个向量中。我该怎么做？例如

DF <- data.frame(A= 5:1, B= 11:15, C= c(3, 3, 2, 2, 1))
DF
  A  B C
  5 11 3
  4 12 3
  3 13 2
  2 14 2
  1 15 1

sortby <- c('C', 'A')

DF[order(sortby),] ## How to do this?

所需的输出如下，但使用sortby向量作为输入。

DF[with(DF, order(C, A)),]
  A  B C
  1 15 1
  2 14 2
  3 13 2
  4 12 3
  5 11 3

（ 的解决方案data.table是可取的。）

编辑：如果基本 R 或 data.table 不需要太多编码，我宁愿避免导入其他包。