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如何使用奇点图像运行 jupyter notebook?

我已经构建了一个包含最新 anaconda 版本的奇异图像 (jupyter.sif),我想用它来运行 jupyter notebook。

我想运行这样的东西:

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singularity exec --bind /path/outside/image/:/path/inside/image/ jupyter.sif jupyter notebook --notebook-dir=/path/to/dir --no-browser --ip=127.0.0.1
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

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本质上,只需启动一个普通的 jupyter 笔记本,它将使用 python 版本和安装在奇异图像中的包。理想情况下,笔记本将读取和写入图像外的文件(因此我指定了绑定路径)。

但是,当我运行上述命令时,出现以下错误:

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回溯(最近一次调用):文件“/opt/conda/lib/python3.7/site-packages/traitlets/traitlets.py”,第 528 行,在 get value = obj._trait_values[self.name] KeyError: '运行时目录'

在处理上述异常的过程中,又发生了一个异常:

回溯(最近一次调用最后一次):

文件“/opt/conda/bin/jupyter-notebook”,第 11 行,在 sys.exit(main()) 中

文件“/opt/conda/lib/python3.7/site-packages/jupyter_core/application.py”,第266行,在launch_instance return super(JupyterApp, cls).launch_instance(argv=argv, **kwargs)

文件“/opt/conda/lib/python3.7/site-packages/traitlets/config/application.py”,第657行,在launch_instance app.initialize(argv)

文件“”,第 2 行,在初始化中

文件“/opt/conda/lib/python3.7/site-packages/traitlets/config/application.py”,第87行,catch_config_error返回方法(app,*args,**kwargs)

初始化 self.init_configurables() 中的文件“/opt/conda/lib/python3.7/site-packages/notebook/notebookapp.py”,第 1626 行

文件“/opt/conda/lib/python3.7/site-packages/notebook/notebookapp.py”,第 1319 行,在 init_configurables connection_dir=self.runtime_dir 中,

文件“/opt/conda/lib/python3.7/site-packages/traitlets/traitlets.py”,第556行,在get return self.get(obj, cls)

文件“/opt/conda/lib/python3.7/site-packages/traitlets/traitlets.py”,第535行,在get value = self._validate(obj, dynamic_default())

文件“/opt/conda/lib/python3.7/site-packages/jupyter_core/application.py”,第 99 行,在 _runtime_dir_default ensure_dir_exists(rd, mode=0o700) …

python jupyter jupyter-notebook singularity-container

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