小编Nik*_*ide的帖子

我想使用bash计算特定列的总和而不使用特定列的打印(我想保留管道的所有输出列,只将其中一个加起来!)

我正在尝试Bio::DB::Sam在远程服务器上的主目录上安装perl模块.

我下载了模块,解压缩了文件,然后运行:

perl Build.pl prefix=~/local

接下来会发生什么:

This module requires samtools 0.1.10 or higher (samtools.sourceforge.net).
Please enter the location of the bam.h and compiled libbam.a files: **/some_places/samtools-0.1.19**

Found /some_places/samtools-0.1.19/bam.h and /some_places/samtools-0.1.19/libbam.a.
Created MYMETA.yml and MYMETA.json
Creating new 'Build' script for 'Bio-SamTools' version '1.39'

接下来当我尝试运行时:

./Build

这就是我得到的:

  Building Bio-SamTools
gcc -shared -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -o blib/arch/auto/Bio/DB/Sam/Sam.so lib/Bio/DB/Sam.o c_bin/bam2bedgraph.o -L/some_places/samtools-0.1.19 -lbam -lpthread -lz
/usr/bin/ld: /some_places/samtools-0.1.19/libbam.a(bgzf.o): relocation R_X86_64_32 against `.rodata.str1.1' can not be used when …

我有一个文件:

NAMES.DAT:

AAAA
BBBB

text.dat:

AAAA
CTGCTTCGTCA
12127567612
BBBB
TCGACTACTAG
12331276318
CCCC
TCATCATACAT
23612763812
DDDD
GCTATCGCATC
23767263723

我想要做的是(仅使用shell命令)从text.dat中排除这些行,这些行也存在于names.dat中,并且(最重要的是)在公共行之后有三行.

所以基本上输出应该看起来像是:

CCCC
TCATCATACAT
23612763812
DDDD
GCTATCGCATC
23767263723