小编mav*_*cks的帖子

我想在图表中使用免费字体Latoggplot2，因为我的 R markdown 文档的其余部分就是用这种字体设置的。

该字体已安装在我的系统上，并且可以在字体簿中使用（仅一次）。

所有可用的字体都随extrafont包一起加载并在extrafontdb.

当我将 Markdown 文档编织为 PDF 时，所有文本都以Lato. 但是，我的 ggPlots 的绘图标签未显示。

我还收到以下警告消息：

Warning in grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y, : font width unknown for character 0x20

嵌入文档中包含的字体后，extrafont::embed_fonts所有使用Lato字体的图形都会显示绘图标签，但是

• 绘图标签的单词之间不包含任何空格，
• 任何引用（内部链接、URL、引文）都不再有效。

下面提供了一个 MWE，包括带有和不带有 Lato 字体的 ggPlot 图形（Lato 可以在此处免费获得）要随后嵌入字体，需要运行embed_fonts("TestRmd.pdf", outfile="TestRmd_embedded.pdf")

任何帮助是极大的赞赏！

微量元素：

---
title: "Embedding Fonts in PDF"
output: pdf_document
urlcolor: blue
---

```{r echo=FALSE}
library(ggplot2)
```

### Plot with standard font {#standard} …

我想在使用 R markdown 生成的 PDF 中包含美人鱼图。

根据这篇文章，mermaid 创建一个 HTML 小部件作为输出。不幸的是，为 xaringan 幻灯片提供的答案不适用于 R markdown 中生成的 PDF。

下面是 Rmd-MWE。任何帮助是极大的赞赏！

---
title: "DiagrammeR: mermaid diagram in Rmd"
output: pdf_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

# Simple mermaid diagram

```{r}
library(DiagrammeR)
mermaid("
graph LR
    A-->B
    ", height = '100%', width = '100%')
```

双方natbib并biblatex提供种类繁多的命令中插入引用。

但是，在R markdown 中似乎只有少数可用：

通常人们想使用更高级的命令，例如只引用作者并隐藏年份。

有没有办法在 R markdown 文档中添加和使用以下 cite 命令以多种输出格式编译，特别是 PDF 和 HTML？

\citetitle{key} Returns the title of the source.
\citeauthor{key} Returns the author(s) of the cited source.
\footcite{key} Creates a footnote within the document.
\fullcite{key} Creates a complete quote like in the bibliography
\footfullcite{key} Creates …

我在用Rstudio编译的Rmd报告中使用了美人鱼图。在HTML / PDF输出中，图表上方和下方有很多空白，请参见下面的示例。

# Header
Text
```{r}
library(DiagrammeR)
mermaid("
graph TD
    classDef style_main_node fill:orange,stroke:#333,stroke-width:0px;
    classDef style_sub_node fill:lightgray,stroke:#333,stroke-width:0px;

0(Top)
0 --> A1(Left)
0 --> B1(Center)
0 --> C1(Right)

    class 0 style_main_node;
    class A1,B1,C1 style_sub_node;
")
```
Text

有没有办法裁剪/调整图表周围的空白？并可能还要更改其大小？

如何绘制数据包含NA的是“空白”，在stat_summary用geom = "line"？

代替geom_line()使用是可行的geom_path()（请参阅如何使用ggplot2绘制NA间隙以及如何在geom_line 中绘制包含NA的数据作为“间隙”）。

MWE建立在@stuttungr的示例上（从此处开始）

    df = data.frame( x = c(1:10), y = c(1:10) )
    df[5:7, ]=NA

    # get NO gap as expected
    ggplot(data=df, aes(x,y)) +
      geom_point(color = "green", size = 5) +
      geom_line()

    # get the gap as expected
    ggplot(data=df, aes(x,y)) +
      geom_point(color = "green", size = 5) +
      geom_path()

    # get NO gap unfortunately
    ggplot(data=df, aes(x,y)) +
      geom_point(color = "orange", size = …

我想在用 R markdown 编译的 PDF 报告中包含一个包含 2 列的表格，其中包括图像和文本（图像描述）。在这样做时，我对我的表有以下要求：

• 宽度：固定列或表格宽度

• 对齐：列中的内容对齐

  • 第 1 列中图像的顶部居中对齐
  • 第 2 列中文本的左上对齐

• 文本内容：在代码中也很容易阅读

• 文本格式：

  • 需要文本格式，最好使用降价语法，即粗体
  • 需要换行

• 图像路径：由于图像存储在子目录中，最好使用缩写的图像路径，例如

  • figpath <- "Folder/Subfolder/" 进而
  • fig1 <- paste0(figpath, "image1.png")

• 标题：表格标题是必需的

• 引文：需要添加对表的引用，例如 [@R-base]

• 参考：其他地方的表格是必需的

理想情况下，该表如下所示：

我根据 LaTex 语法、markdown 语法和 R markdown 语法（使用 kable 和 kableExtra）进行了几次尝试，请参阅下面的 MWE。然而，没有一种方法产生令人满意的结果。LaTex 方法最接近，但不允许包含引文。

带有图像的表格稍后应包含在使用 huskydown 编译的报告（论文）中，该报告与 thesisdown/bookdown 相关。任何帮助是极大的赞赏！

下表总结了我的方法，下面提供的 MWE（有关改进的 LaTex MWE，请参阅 @samcarter 的回复）

乳胶方法

YAML header:
header-includes:
  \usepackage{array}
  \newcolumntype{L}[1]{>{\raggedright\let\newline\\\arraybackslash\hspace{0pt}}m{#1}}
  \newcolumntype{C}[1]{>{\centering\let\newline\\\arraybackslash\hspace{0pt}}m{#1}}
  \newcolumntype{R}[1]{>{\raggedleft\let\newline\\\arraybackslash\hspace{0pt}}m{#1}}


\begin{table}[H]
\centering
\caption{My caption}
\begin{tabular}{@{} C{6cm} L{9cm} …

我想包括图题中的一个脚注中呈现为PDF和HTML的R降价报告（报告是基于bookdown/ thesisdown/ huskydown）。
理想的做法是使用文本引用：

(ref:foo-footnote) Text in the footnote.
Can span multiple lines, but has to start on the line of the text reference.

(ref:foo-caption) My text with a footnote.^[(ref:foo-footnote)]

我试过的

---
title: "Footnote in Caption"
author: "Test"
output: html_document
#output: pdf_document
---

## Figure with caption which includes a footnote
<!-------------------------------------------------------------------->
<!-- Reference the figure "by number" as usual with \@ref(fig:foo) -->
<!-- Reference the figure "by name" by adding an anchor above the figure: …

我正在使用lmerTest::lmer()重复测量数据执行线性回归。

我的模型包含固定效应（具有 5 个级别的因子）和随机效应（主题）：

library(lmerTest) 
model_lm  <- lmer(likertscore ~ task.f + (1 | subject), data = df_long)  

我想在我用 生成的回归表中包括观察总数、受试者数量、总 R^2 和固定效应的 R^2 modelsummary()。

我尝试提取这些内容并按照包作者的gof_map 描述构建一个，但没有成功。下面是我从lmerTest::lmer()性能指标中获得的模型输出：

Linear mixed model fit by REML ['lmerModLmerTest']
Formula: likertscore ~ factor + (1 | subject)
   Data: df_long
REML criterion at convergence: 6674.915
Random effects:
 Groups   Name        Std.Dev.
 subject  (Intercept) 1.076   
 Residual             1.514   
Number of obs: 1715, groups:  subject, 245
Fixed Effects:
                      (Intercept)                         factor1                         factor2  
                           3.8262                             1.5988                             0.3388  
                      factor3 …

我想用 ggPairs() 创建一个相关图，其中应该包含

• 相关值的热图（如这个SO问题）
• 相关性的重要性星星（如在这个SO问题中）
• 根据自定义主题的字体类型和字体大小。

基于@user20650对上述SO问题提供的优秀解决方案，我成功构建了一个函数来生成具有重要性星级的相关值的热图。

不幸的是，当添加（自定义）主题时，彩色 panel.backgrounds 被删除（MWE 在下面提供）。

微量元素

library(ggplot2)
library(GGally)
# fct. to create heatmap of correlation values with significance stars for upper triangle of ggpairs plot
cor_fun <- function(data, mapping, method="pearson", use="pairwise", ndp=2, sz=5, stars=TRUE, ...){

# grab data
x <- eval_data_col(data, mapping$x)
y <- eval_data_col(data, mapping$y)

# calculate correlation: for significance stars
corr <- cor.test(x, y, method=method)
est <- corr$estimate
lb.size <- sz* abs(est)

# get significance stars
if(stars){
  stars …

如何调整呈现为输出格式的 R markdown 演示文稿的幻灯片宽度beamer以生成 LaTex/PDF 文件？为了能够快速调整到给定的演示设备（宽屏、4:3 屏幕等），理想情况下可以轻松更改宽高比以采用不同的值。

微量元素：

---
title: "Adjust the width/aspect ratio of slides"
output:
  # beamer_presentation: default
  bookdown::pdf_book:
    base_format: rmarkdown::beamer_presentation
---


## Some Slides

some content

如何在`rmarkdown::beamer_presentation 中垂直居中对齐多列的内容？

正如对这个 SO 帖子的回答的评论中所建议的那样，我尝试过::: {.column width="30%"}，但这对我不起作用。

如果有一种简单的方法可以为每一列以不同的方式对齐内容，那也将非常有用（例如，c1：顶部，c2：中间，c3：底部，c4：中间）。

移动电源

---
output:
  bookdown::pdf_book:
    base_format: rmarkdown::beamer_presentation
    slide_level: 2
    keep_tex: true
---

## Figures in columns top-aligned
::: columns

:::: {.column width="30%"}
```{r top-p-5, echo=FALSE, out.width='30%'}
plot(pressure[1:5,])
```
::::

:::: {.column width="30%"}
```{r top-p-10, echo=FALSE, out.width='50%'}
plot(pressure[1:10,])
```
::::

:::: {.column width="30%"}
```{r top-p-all, echo=FALSE, out.width='100%'}
plot(pressure[1:nrow(pressure),])
```
::::

:::

## Figures in columns center-aligned (not working)
::: columns

::: {.column width="30%"}
```{r center-p-5, echo=FALSE, …