小编rg2*_*255的帖子

编辑:解决了.请参阅@acdsee评论以了解具体方法.

自从我将IntelliJ IDEA从2017.3.5更新到2018.1以来,我开始的每个项目都抛出了这个错误:

> Error:Module 'JBA' production: java.lang.Exception: LOGGING: Loading
> modules: [java.se, javafx.base, javafx.controls, javafx.fxml,
> javafx.graphics, javafx.media, javafx.swing, javafx.web,
> jdk.accessibility, jdk.attach, jdk.compiler, jdk.dynalink,
> jdk.httpserver, jdk.incubator.httpclient, jdk.jartool, jdk.javadoc,
> jdk.jconsole, jdk.jdi, jdk.jfr, jdk.jshell, jdk.jsobject,
> jdk.management, jdk.management.cmm, jdk.management.jfr,
> jdk.management.resource, jdk.net, jdk.packager, jdk.packager.services,
> jdk.scripting.nashorn, jdk.sctp, jdk.security.auth, jdk.security.jgss,
> jdk.unsupported, jdk.xml.dom, oracle.desktop, oracle.net, java.base,
> java.compiler, java.datatransfer, java.desktop, java.xml,
> java.instrument, java.logging, java.management, java.management.rmi,
> java.rmi, java.naming, java.prefs, java.scripting, java.security.jgss,
> java.security.sasl, java.sql, java.sql.rowset, java.xml.crypto,
> …

我在R中有一个看起来像的数据集,并且以与下面的例子相同的方式重新整形.目的是将NA值转换为其他值(例如"FALSE"或"0"),然后可以将其用于创建新列

ortho.test<-data.frame(rep("a",10));colnames(ortho.test)=("ODB6")
ortho.test$FBGN=c("FBgn0132258","FBgn0131535","FBgn0138769","FBgn01561235","FBgn0316645","FBgn874916","FBgn5758641","FBgn5279946","FBgn67543154","FBgn2451645")
ortho.test$Species=c("DROME","DROSI","DROSE","DROAN","DROYA","DROPS","DROPE","DROVI","DROGR","DROWI")

ortho<-reshape(ortho.test,direction="wide",idvar="ODB6",timevar="Species")
ortho$FBGN.DROME<-NA
is.na(ortho)

返回一个向量告诉我所有但FBGN.DROME都是FALSE使用以下str()输出:

> str(ortho)
'data.frame':   1 obs. of  11 variables:
 $ ODB6      : Factor w/ 1 level "a": 1
 $ FBGN.DROME: logi NA
 $ FBGN.DROSI: chr "FBgn0131535"
 $ FBGN.DROSE: chr "FBgn0138769"
 $ FBGN.DROAN: chr "FBgn01561235"
 $ FBGN.DROYA: chr "FBgn0316645"
 $ FBGN.DROPS: chr "FBgn874916"
 $ FBGN.DROPE: chr "FBgn5758641"
 $ FBGN.DROVI: chr "FBgn5279946"
 $ FBGN.DROGR: chr "FBgn67543154"
 $ FBGN.DROWI: chr "FBgn2451645"
 - attr(*, "reshapeWide")=List of 5
  ..$ v.names: NULL
  ..$ timevar: chr "Species"
  ..$ …

我有一个df(day.df)与列vial,我试图拆分为四个新列.新专栏将是treatment gender line block.该day.df数据框也有列response&explanatory其将被保留.

所以 day.df目前看起来像这样(31000行的前4位):

    vial    response explanatory
    Xm1.1   0        4
    Xm2.1   0        4
    Xm3.1   0        4
    Xm4.1   0        4
    .       .        .
    .       .        .        
    .       .        .

该vial列的当前内容如下所示Xm1.2.

• 第一个字符(显示为X)可以是- X或者A这将是 treament.
• 第二个字符(在示例中显示为m)可以是- m或者 f这是gender.
• 第三个字符(显示为1),范围从1- 40- 这是line.
• 第四个也是最后一个字符是block和1- 范围从- …

我有来自苍蝇实验的生存数据,该实验检查各种基因型的衰老率.我可以通过多种布局获取数据,因此您可以选择最适合您的答案.

一个数据帧(wide.df)看起来像这样,其中每个基因型(Exp,其中有~640)有一行,并且天数从第4天到第98天水平顺序运行,每两天有新的死亡数.

Exp      Day4   Day6    Day8    Day10   Day12   Day14    ...
A        0      0       0       2       3       1        ...

我用这个做例子:

wide.df2<-data.frame("A",0,0,0,2,3,1,3,4,5,3,4,7,8,2,10,1,2)
colnames(wide.df2)<-c("Exp","Day4","Day6","Day8","Day10","Day12","Day14","Day16","Day18","Day20","Day22","Day24","Day26","Day28","Day30","Day32","Day34","Day36")

另一个版本是这样的,每个"Exp"每天都有一行,并记录当天的死亡人数.

Exp     Deaths  Day     
A       0       4    
A       0       6
A       0       8
A       2       10
A       3       12
..      ..      ..

举个例子:

df2<-data.frame(c("A","A","A","A","A","A","A","A","A","A","A","A","A","A","A","A","A"),c(0,0,0,2,3,1,3,4,5,3,4,7,8,2,10,1,2),c(4,6,8,10,12,14,16,18,20,22,24,26,28,30,32,34,36))
    colnames(df2)<-c("Exp","Deaths","Day")

我想做的是执行Gompertz分析(参见此处"生命表"的第二段).等式是:

μx=α*eβ ^*x

其中μx是给定时间的死亡概率,α是初始死亡率,β是衰老率.

我希望能够获得一个数据框,其中包含我的~640个基因型中的每一个的α和β估计值,以供稍后进一步分析.

我需要帮助从上面的数据帧到R中每个基因型的这些值的输出.

我查看了flexsurv可能包含答案的软件包,但我没有尝试查找和实现它.

我试图在R中的直方图上增加图例中彩色方块的大小 - 当我输出PDF时,它们太小,因此很难区分颜色.我搜索了谷歌,R-help Nabble论坛和这个地方,都无济于事.我还尝试了图例文档中的几个命令.

我需要在legend()函数中使用什么来增加它们？是否可以去除每个彩色方块周围的黑色边框以方便观看？

这是我的例子:

a<-c(1,1,2,3,3,3,3,4,54,56,2,23,1,3,23)
hist(a) 
graphics::legend(x=-1,y=10,c(">0%",">20%",">40%",">60%",">80%"),
       x.intersp=1,y.intersp=2,cex=1, bty="n",
       fill=c("black","gray50","gray70","gray85","white"))

我想改变传奇中盒子的大小？

解决方案:来自@Ben Bolker

添加到图例功能上方的脚本中

> source("http://www.math.mcmaster.ca/bolker/R/misc/legendx.R")

然后加

> box.cex=c(2,2)

在图例功能中

作为我昨天发布的一个问题的后续跟进,是否有R中的包/函数可以给我一个由经度和纬度定义的点所在的国家(和大陆)？在MatLab中所做的事情.

Dataframe看起来像这样......

Point_Name              Longitude   Latitude
University of Arkansas  36.067832   -94.173655
Lehigh University       40.601458   -75.360063
Harvard University      42.379393   -71.115897

我想输出上面添加了国家和大陆列的数据框.作为一个额外的奖励,一个美国州的专栏是美国的(和其他"美国以外的国家)？