小编use*_*rJT的帖子

许多人使用R和RStudio,他们需要跟上升级.

如果有人想要"记住"所有的RStudio项目.有可能吗？两者的无缝升级....

首先应该安装新的R版本,然后将RStudio安装到同一个文件夹中.(步骤的最佳顺序是什么？)

我正在为通路浓缩程序创建用户界面.结果如下表所示.

下面是一个片段,显示我使用DT :: renderDataTable和DT :: datatable在选项卡中输出表.spia_out()只是一个反应函数,它运行路径浓缩并产生一个数据帧.

spia_out <- reactive({
    ...get results in a dataframe...
  })

output$spiaout <- DT::renderDataTable({
      DT::datatable(spia_out(), extensions = ..., options = ...)
  })

一切正常,路径丰富表生成并打印在相应的UI元素中.我唯一的问题是如何将URL的最后一列(KEGGLINK)转换为活动超链接？这样人们就可以点击它们而不是复制和粘贴.

为截图的大小提前道歉.我希望你能看到最后一栏KEGGLINK有URL,但它们没有活动.

如果包的当前版本出现一些错误,则用户可能更愿意安装特定版本(例如版本1.0.1).可以用什么样的R代码来实现呢？

举例来说,发布最新的OhdsiRToolsR包:

https://github.com/OHDSI/OhdsiRTools/tree/v1.0.1

命令如下:

install_github("OHDSI/OhdsiRTools", ref = 'v1.0.1')

上面的代码不正确.它仅适用于分支(例如,master或devA).但该devtools软件包具有引用版本的功能.

理想情况下,我会通过标签引用发布(但提交ID的解决方案也可以).

EXTRA BONUS:什么代码可以安装"最新"版本.(但认为这是一个奖金问题.关于主要问题的问题)

我在数据框中有一个列,如下所示:

npt2$name
#  [1] "Andreas Groll, M.D."
#  [2] ""
#  [3] "Pan-Chyr Yang, PHD"
#  [4] "Suh-Fang Jeng, Sc.D"
#  [5] "Mostafa K Mohamed Fontanet Arnaud"
#  [6] "Thomas Jozefiak, M.D."
#  [7] "Medical Monitor"
#  [8] "Qi Zhu, MD"
#  [9] "Holly Posner"
# [10] "Peter S Sebel, MB BS, PhD Chantal Kerssens, PhD"
# [11] "Lance A Mynderse, M.D."
# [12] "Lawrence Currie, MD"

我试过gsub但没有运气.在做之后,toupper(x)我需要用什么都不替换'MD'或'MD'或'PHD'的所有实例.

有一个很好的简短技巧吗？

事实上,我有兴趣看到它在一个字符串上完成,并且在整个列表中的一个命令中完成的方式有多么不同.

我什么时候想要使用xmlParse函数而不是xmlTreeParse函数？此外,何时参数值useInternalNodes=TRUE或asText=TRUE有用？

例如:

library("XML")
nct_url <- "http://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT00112281?resultsxml=true"
xml_doc <- xmlParse(nct_url, useInternalNodes=TRUE)

与

doc <- xmlTreeParse(getURL(nct_url), useInternalNodes=TRUE)
top <- xmlRoot(doc)
top[["keyword"]]
xmlValue(top[["start_date"]])
xmlValue(top[["location"]])

人们似乎xmlTreeParse通过$ doc $ children $ ...遍历使用该函数获取非重复节点.但我不确定每种方法最好的时候都能理解.解析XML是几乎放弃R并学习Python的原因之一.在没有被迫买书的情况下缺乏傻瓜的例子.

考虑一个需要docx文档文本的用户,而不需要在R中处理页眉和页脚.

如果将file.docx重命名为file.zip并分析文档document.xml - 它是一个格式良好的XML文档及其文本.

Microsfot(或其他开发人员)是否在docx文件的ZIP包中发布了此document.xml子文件的架构？

该文件如下所示:

    <?xml version="1.0" encoding="UTF-8" standalone="yes" ?> 
- <w:document xmlns:wpc="http://schemas.microsoft.com/office/word/2010/wordprocessingCanvas" xmlns:mc="http://schemas.openxmlformats.org/markup-compatibility/2006" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:r="http://schemas.openxmlformats.org/officeDocument/2006/relationships" xmlns:m="http://schemas.openxmlformats.org/officeDocument/2006/math" xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:wp14="http://schemas.microsoft.com/office/word/2010/wordprocessingDrawing" xmlns:wp="http://schemas.openxmlformats.org/drawingml/2006/wordprocessingDrawing" xmlns:w10="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:w="http://schemas.openxmlformats.org/wordprocessingml/2006/main" xmlns:w14="http://schemas.microsoft.com/office/word/2010/wordml" xmlns:wpg="http://schemas.microsoft.com/office/word/2010/wordprocessingGroup" xmlns:wpi="http://schemas.microsoft.com/office/word/2010/wordprocessingInk" xmlns:wne="http://schemas.microsoft.com/office/word/2006/wordml" xmlns:wps="http://schemas.microsoft.com/office/word/2010/wordprocessingShape" mc:Ignorable="w14 wp14">
- <w:body>
- <w:p w:rsidR="00F447D7" w:rsidRPr="00C63308" w:rsidRDefault="00F447D7">
- <w:pPr>

考虑一下互联网上的一个文件(就像这个一样(注意https中的s)https://evs.nci.nih.gov/ftp1/CDISC/SDTM/SDTM%20Terminology.xls

如何将文件的表2读入R？

以下代码是所需内容的近似值(但失败)

url1<-'https://evs.nci.nih.gov/ftp1/CDISC/SDTM/SDTM%20Terminology.xls'
p1f <- tempfile()
download.file(url1, p1f, mode="wb")
p1<-read_excel(path = p1f, sheet = 2)

基本图形可以使用简单的命令很好地绘制箱线图

data(mtcars)
boxplot(mtcars$mpg)

但qplot需要y轴.我如何实现与qplot相同的基本图形boxplot并没有得到这个错误？

qplot(mtcars$mpg,geom='boxplot')
Error: stat_boxplot requires the following missing aesthetics: y

dplyr是一个伟大而快速的图书馆.

使用%>%运算符可以实现强大的操作.

在我的第一步中,我需要将输出限制为最多500行(用于显示目的).

我怎样才能做到这一点？

par<-filter(pc,Child_Concept_GID==as.character(mcode)) %>% select(Parent_Concept_GID)

我需要的是类似的东西

filter(pc,CONDITION,rows=500)

有没有直接的方法或一个很好的解决方法,而没有使第一步成为一个单独的步骤(在%>%"流"之外)

管道和tidyverse有时非常方便.用户想要将一列从一种类型转换为另一种类型.

像这样:

mtcars$qsec <-as.integer(mtcars$qsec)

这需要输入我需要的两倍.请不要建议使用"with"命令,因为我觉得它使用起来很混乱.

什么是tidyverse和magrittr%<>%的方式以最少的打字量做同样的事情？另外,如果qsec是第6列,我该怎么做才引用列位置.像(不正确的代码)

mtcars %<>% mutate(as.integer,qsec)
mtcars %<>% mutate(as.integer,[[6]])