我最近需要安装R 3.2以从Bioconductor工作获得一个包,但是在我安装之后,我收到以下错误:
[16:16:11 20] $ r
dyld: Library not loaded: /usr/local/lib/gcc/4.9/libgfortran.3.dylib
Referenced from: /usr/local/Cellar/r/3.2.0/R.framework/Versions/3.2/Resources/lib/libR.dylib
Reason: image not found
Trace/BPT trap: 5
果然,brew设置为使用gcc 5,所以我告诉brew使用4.9版本
brew switch gcc 4.9
让R运行,但是R会在软件包安装过程中失败(特别是当我运行时)biocLite('DESeq2').
从那以后,我尝试了很多东西,包括尝试安装gcc 4.8(但我似乎无法让R使用它,即使是通过~/.R/Makevars).即使没有安装4.9,R仍然坚持调用上面显示的路径.
R的Windows版本似乎说4.9不适用于3.2:
R-devel暂时使用了基于4.9.2 gcc的新工具链,由Duncan Murdoch使用承包商编写的构建脚本放在一起.但是,与现有代码存在太多不兼容性,并且此工具链不会用于R 3.2.0.有关构建和测试新工具链的详细信息,请参阅说明.
任何帮助将不胜感激!
编辑:我尝试从源代码安装,如@lmw.所示,但它失败了:
[11:27:55 2] $ brew install r --build-from-source
==> Installing r from homebrew/homebrew-science
==> Installing r dependency: gcc
==> Downloading http://ftpmirror.gnu.org/gcc/gcc-5.1.0/gcc-5.1.0.tar.bz2
######################################################################## 100.0%
curl: (28) Resolving timed out after 5542 milliseconds
Trying a mirror...
==> Downloading https://ftp.gnu.org/gnu/gcc/gcc-5.1.0/gcc-5.1.0.tar.bz2
######################################################################## 100.0% …