小编use*_*991的帖子

我有两个大数据框,一个(df1)有这个结构

   chr    init
1  12  25289552
2   3 180418785
3   3 180434779

另一个(df2)有这个

    V1    V2     V3
10  1     69094 medium
11  1     69094 medium
12  12 25289552 high
13  1     69095 medium
14  3 180418785 medium
15  3 180434779 low

我试图做的是添加列V3的df2到df1,来获得突变的信息

   chr    init  Mut
1  12  25289552 high
2   3 180418785 medium
3   3 180434779 low

我正在尝试将两者加载到R中,然后使用匹配进行for循环,但它不起作用.你知道有什么特别的方法吗？我也愿意使用awk或类似的东西

我有一个这样的数据框架

1    1    1    K    1    K    K
2    1    2    K    1    K    K
3    8    3    K    1    K    K
4    8    2    K    1    K    K
1    1    1    K    1    K    K
2    1    2    K    1    K    K

我想删除所有具有相同值的列,即K,所以我的结果将是这样的

1    1    1    1    
2    1    2    1   
3    8    3    1  
4    8    2    1  
1    1    1    1 
2    1    2    1  

我尝试迭代列中的迭代,但我什么都没得到.有任何想法吗？提前致谢

我正在使用GenomicRanges来查找来自一个实验的哪些转录本与来自其他实验的转录本重叠.

head(to_ranges1)
   knowngene  chr strand Start    Gene
1 uc001aaa.3  chr1    +  9873 16409   DDX11L1
2 uc001aac.4  chr1    - 12361 31370  WASH7P
3 uc001aae.4  chr1    - 12361 21759  WASH7P
library(GenomicRanges)
object_one<-with(to_ranges, GRanges(chr, IRanges(Start,End), 
                                     strand,names=knowngene,Gene=Gene)
object_two<-with(to_ranges, GRanges(chr, IRanges(Start,End), 
                                     strand,names=knowngene, Gene=Gene))
mm<-findOverlaps(object_one,object_two)
solution <- data.frame(as.data.frame(object_one[as.matrix(mm)[,1],]),
                       as.data.frame(object_two[as.matrix(mm)[,2],]))

我想要找到的是解决方案数据框中命中之间的重叠段的宽度,但是我可以获得的唯一宽度是与重叠过程之前的原始转录本相关.

你能帮我恳求吗？

我想分割这样的数据帧

chr.pos nt.pos  CNV
1   74355   0
1   431565  0
1   675207  0
1   783605  1
1   888149  1
1   991311  1
1   1089305 1
1   1177669 1
1   1279886 0
1   1406311 0
1   1491385 0
1   1579761 0
2   1670488 1
2   1758800 1
2   1834256 0
2   1902924 1
2   1978088 1
2   2063124 0 

关键是要获得chr相同且CNV = 1列的间隔列表,但要考虑它们之间的0个iner

[[1]]

   1    783605  1
   1    888149  1
   1    991311  1
   1    1089305 1
   1    1177669 1
[[2]]
   2    1670488 …