我正在编写一个脚本，它结合了snakemake 和python 代码来自动化成对出现的大量文件。更准确地说，我正在将读取与 BWA MEM 与成对的末端读取 ( http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml )对齐。在脚本的第一部分，我遍历文件中的名称列表（它们是fastq bunzipped文件），然后在列表中相应地对它们进行排序。以下是一些文件的快速浏览：
[ 'NG-8653_ 1A _lib95899_4332_7_ 1 '， 'NG-8653_ 1A _lib95899_4332_7_ 2 '， 'NG-8653_ 1B _lib95900_4332_7_ 1 '， 'NG-8653_ 1B _lib95900_4332_7_ 2 '， 'NG-8653_ 1N _lib95898_4332_7_ 1 '，“NG-8653_ 1N _lib95898_4332_7_ 2 “]
如您所见，读取按两两排序（1A_... 1 和 1A ..._2 等...）。现在使用子进程，我想通过用 bunzip2 解压缩它们然后将它们通过 stdin 传递到 bwa mem 来对齐它们。bwa mem 命令将 fastq 格式文件转换为 .sam 文件，然后我必须使用 samtools 将它们转换为 .bam 格式。这是到目前为止的脚本：
import re, os, subprocess, bz2
WDIR = "/home/alaa/Documents/snakemake"
workdir: WDIR
SAMPLESDIR = "/home/alaa/Documents/snakemake/fastq/"
REF = …我在 Git 上创建了一个新的远程存储库 ('myRepo')。我选中了“添加 README.md”复选框，这也对此“myRepo”存储库进行了提交。
然后我创建一个新文件夹，在其中添加一些文件并执行以下操作：
git init
git add .
git commit -m "init"
git remote add origin https://github.com/jozinho947/myRepo.git
# get the READ.me fetched on the 'origin/master' branch locally
git fetch
# get the READ.me merged in my local 'master' where i'm pointing
git merge origin/master
然后我有这个错误：
fatal: refusing to merge unrelated histories
我不明白为什么我不能这样做，以及如何解决这个问题。
我在 Ruby 中写了这样的东西：
if a.max == a[0]
brand = b[0]
elsif a.max == a[1]
brand = b[1]
elsif a.max == a[2]
brand = b[2]
elsif a.max == a[3]
brand = b[3]
end
a并且b两者都是唯一的数组。
有什么方法可以检查所有if和elsif的情况相同吗？
只有一个条件a[0], a[1],a[2]和a[3]?
如何设置数字显示格式psql？
我有许多 character varying和double precision列中select查询。我可以在每个数字列上使用to_char()或round()，但是对于许多列，这会使代码过于重复。
有捷径吗？例如，是否有任何psql会话设置，例如\pset numeric '9.9EEEEE'（我只是编造的，不要尝试使用它）。我无法在手册中快速找到此类设置：PostgreSQL: Documentation: psql。
例子：
-- Got this:
=# select bar from (values (123456789), (0.123456789), (0.000000123456789)) table_foo (bar);
bar
-------------------
123456789
0.123456789
0.000000123456789
-- I have to use this workaround:
=# select to_char(bar, '9.9EEEEE') as bar from (values (123456789), (0.123456789), (0.000000123456789)) table_foo (bar);
bar
----------
1.2e+08
1.2e-01
1.2e-07
-- I want this:
-- set some session …我是perl的初学者,我对模式匹配有疑问.我在perl中遇到了一行写的
$variable =~ s-/\Z--;
随着代码的继续,分配了另一个变量
$variable1 =~ s-/--;
你能告诉我这两行是做什么的吗？我想知道什么是意思s-/\Z--和s-/--意思.
如何将字符串转换为时间戳？
我找到的文档和所有答案都显示了如何使用 to_timestamp 函数将字符串列转换为时间戳，但这显然不适用于单个字符串。
to_timestamp('2019-09-20 13:59', 'DD-MM-YYYY HH24:MI:SS')
Cast('2019-09-20 13:59' as timestamp)
我想向表中添加一列，并以此日期作为重复值。
-- Creating timestamp column
ALTER TABLE my_table ADD creation_date timestamp
-- Repeating timestamp
UPDATE my_table SET creation_date = TO_TIMESTAMP('2019-09-20 13:59', 'YYYY-MM-DD HH24:MI')
有时我会被非常基本的事情咬伤。我记得split基于PATTERN用作字符串或正则表达式有不同的行为。现在阅读文档似乎没有这样的区别，在整个文档中，只有一种情况（awk-like 行为），其中模式以带引号的字符串形式呈现，在其他所有示例中，模式都在斜杠之间，作为正则表达式。尽管如此，我还是在这里和那里找到了示例/教程，例如，哪里提到了基于字符、字符串和模式的拆分的区别。尽管如此，在测试中，除了在斜杠上拆分使用引号 ( split '/', $some_string)更好之外，我没有发现更多差异。
我今天的具体问题是在点上拆分文件名.并期望在字符串模式上拆分。令我惊讶的'.'是，该模式仍被视为正则表达式，因此以下脚本无法实现此目的：
use strict; use warnings; use 5.010;
my ( @x ) = split '.', 'dir/some_file.ext';
say "@x";
我知道，如何修复我的脚本（使用正则表达式模式），但我仍然不知道，使用模式作为字符串 ( '.') 与使用正则表达式 ( /./) 有什么区别？
来自 Perldoc：
qr/STRING/msixpodualn
该运算符将其 STRING 引用（并可能编译）为正则表达式。STRING 的插值方式与 m/PATTERN/ 中的 PATTERN 相同。
m/PATTERN/msixpodualngc
/PATTERN/msixpodualngc
在字符串中搜索模式匹配，在标量上下文中，如果成功则返回 true，如果失败则返回 false。如果没有通过 =~ 或 !~ 运算符指定字符串，则搜索 $_ 字符串。（用 =~ 指定的字符串不必是左值 - 它可能是表达式求值的结果，但请记住 =~ 绑定得相当紧密。）另请参阅 perlre。
选项如上面 qr// 中所述
我确信我错过了一些明显的东西，但我根本不清楚这些选项有何不同 - 它们看起来基本上是同义词。你什么时候会使用qr//代替m//，反之亦然？
我有一个文件列表，每个文件都包含在自己的行中。每个文件名的长度可变，n但每个文件的最后 7 个字符是特定标识符。我想弄清楚如何删除每行最后 7 个字符之前的所有字符。我认为使用 sed 命令可以做到这一点，并对 google 和 sed 手册页进行了研究。但是，我只找到了显示如何格式化 sed 以删除n每行中最后一个字符的资源，具体操作如下：
sed 's/.\{n\}$//'
我对 bash 相当陌生，无法找到有效的资源来了解如何格式化 sed 命令。有谁知道如何更改此命令以仅打印每行的最后 7 个字符。
所以我想把这段代码变成一行。我不知道如何创建两个随机列表，然后在一行中打印出两个列表中的公共数字。我是将代码放入一行的新手，我不知道这是否可行。
这是我拥有的代码：
import random
a, b = random.sample(range(1, 50), 30), random.sample(range(1, 50), 30)
print([x for x in a for y in b if x == y])
这是我的尝试：
import random
print([[a = random.sample(range(1, 50), 30)], [b = random.sample(range(1, 50), 30)], x for x in a for y in b if x == y])