我正在尝试制作站点与物种丰度矩阵的热图。感谢 Maurits Evers 提供的部分代码,我仍然无法在没有错误消息的情况下运行它:
不推荐在tibble上设置行名称。
row.names<-.data.frame(*tmp*, value = list(Site = c("AwarukuLower", : invalid 'row.names' length) 中的错误
有人建议 tidyverse 和 tibbles 可能是问题所在。我卸载了包 tibble & tidyverse 并安装了 devtools readr 包。我仍然收到相同的错误消息,无法弄清楚如何解决这个问题。附上资料。
library(readr)
devtools::install_github("tidyverse/readr") #to install readr without tidyverse
bank_mean_wide_sp <- read.csv("/Users/Chloe/Desktop/Environmental Data Analysis/EDA.working.directory/bank_mean_wide.csv")
log_mean_wide_sp <- read_csv("/Users/Chloe/Desktop/Environmental Data Analysis/EDA.working.directory/log_mean_wide.csv")
as.matrix(bank_mean_wide_sp)
as.matrix(log_mean_wide_sp)
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
将站点信息存储为行名
logdf <- log_mean_wide_sp;
base::row.names(logdf) <- log_mean_wide_sp[, 1];
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
删除非数字列
logdf <- logdf[, -1];
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
使用as.matrix于data.frame转化为矩阵
logmap <- heatmap(
as.matrix(logdf),
col = cm.colors(256),
scale = "column",
margins = …Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)