小编nsh*_*eff的帖子

我经常对R的神秘错误消息感到沮丧.我不是在交互式会话期间谈论,我的意思是当你运行脚本时.错误消息不会打印出行号,并且通常很难跟踪违规行以及错误原因(即使您可以找到该位置).

最近我的R脚本失败了,带来了令人难以置信的深刻信息:"执行停止了." 我通常跟踪这些错误的方法是在整个脚本中放入大量的打印语句 - 但这很痛苦.我有时不得不在交互式会话中逐行浏览脚本以查找错误.

有没有人有更好的解决方案,如何使R错误输出更有用？

编辑:许多R调试的东西适用于交互式会话.我正在寻找有关通过Rscript运行的命令行脚本的帮助.当错误发生时,我不在R会话的中间,我在bash shell.我无法运行"traceback()"

我的问题类似于之前发布的问题,但从未真正回答过:

在R中禁用GUI,图形设备

我不喜欢用于CRAN镜像选择的R tcltk弹出窗口.当他们在两个包中搜索函数的帮助时,他们还会弹出选择包.

有没有办法在不完全禁用X11的情况下禁用这些窗口？我仍然希望plot()命令正常工作,但禁用永远加载远程连接的小选择菜单.

例如,如果您使用ssh,但不使用-X,那么镜像选择只是R中的文本,您键入一个数字.它很快.这就是我想要的,但保留X11的情节b.

任何人都知道如何维护图形窗口,但禁用"选择"tcltk窗口？

这是一个简单的问题,但答案显然不是那么简单......是否可以将R中的环境结合起来？

E1 = new.env()
E2 = new.env()
E1$x = 25
E2$y = 7

好的,现在我想要一个E3既有x又有y定义的环境(比方说).

c(E1, E2)
#doesn't work
E3 = new.env(E1, E2)
#doesn't work

我找到了其他类似的问题,但它们似乎对我不起作用.

使用案例:也许有一个原因这并不容易......我想这样做的原因是:我使用一些函数来加载数据.以前,我刚刚将它加载到全局环境中,但我现在有许多不同的函数加载不同类型的数据(我根据需要不同地调用它),因此我希望保持加载的数据更加分区.如果我把2条不同的加载函数E1=loadData1()和E2=loadData2(),我现在想调用使用变量来自这两个功能一个功能,我想能说with(E1 & E2, someFunction()).因此,合并我加载的环境似乎是合适的.

那么,合并它们的正确方法是什么？而且,顺便说一下,如果合并环境不是正确的方法,你对如何更好地完成我正在做的事情有不同的建议吗？

在python中有一个很好的函数(str .format),它可以很容易地用{variable}字符串中的变量(编码为)替换存储在dict中的值(使用变量名称命名的值).像这样:

vars=dict(animal="shark", verb="ate", noun="fish")
string="Sammy the {animal} {verb} a {noun}."
print(string.format(**vars)) 

鲨鱼萨米吃了一条鱼.

什么是最简单的解决方案R？是否有一个内置的等效2参数函数,它接受带有以相同方式编码的变量的字符串,并用命名的命名值替换它们list？

如果R中没有内置函数,那么已发布的包中是否有一个？

如果已发布的软件包中没有,您会用什么来编写一个？

规则:字符串由编码为"{variable}"的变量提供给您.变量必须编码为a list.我将回答我的定制版本,但会接受一个比我更好的答案.

使用R的data.table包,

这有效:

instruction = "a = data.table(name=1:3, value=1:3, blah=1:3); a[,c('value', 'blah'):=NULL]"
eval(parse(text=instruction))
#   name
#1:    1
#2:    2
#3:    3

这有效:

myFunc = function(instruction) {
eval(parse(text=instruction))
}
myFunc(instruction)
#   name
#1:    1
#2:    2
#3:    3

现在,将此函数放入包中,加载它,然后尝试调用它.这不起作用:

myFuncInPackage(instruction)
#Error in `:=`(c("value", "blah"), NULL) : 
#  Check that is.data.table(DT) == TRUE. Otherwise, := and `:=`(...) are defined for use in j, once only and in particular ways. See help(":=").

为什么？

编辑:@Roland指出在包Depends字段中添加data.table 使它工作.但是,我不认为这是一个很好的解决方案,因为该软件包并不真正依赖,要求或使用data.table.我只是希望能够在包中使用data.table.

此外,data.table的所有其他功能在函数中运行良好,而不是:=运算符.

所以我想一个后续问题可能是:我应该将data.table添加到我编写的每个包的Depends中,以便data.tables在该包的函数中按预期工作吗？这似乎不正确......解决这个问题的正确方法是什么？

我想构建一个文件路径，给定文件名和该文件所在的文件夹。该文件夹可能包含尾部斜杠，也可能不包含。在python中，os.path.join为你解决这个问题。这个问题有基本的 R 解决方案吗？如果没有，R 中推荐的构建没有重复斜杠的文件路径的方法是什么？

这工作正常：

> file.path("/path/to/folder", "file.txt")
[1] "/path/to/folder/file.txt"

但是，如果用户提供一个带有尾部斜杠的文件夹，file.path那么仍然有效但令人讨厌的双斜杠是否：

> file.path("/path/to/folder/", "file.txt")
[1] "/path/to/folder//file.txt"

我正在寻找一个内置的 1 函数答案来解决这个常见问题。

假设我有一个Dockerfile,我使用FROM指令在其中构建基于其他图像的图像.

例如,我的图像,称为extendedImage,开头FROM baseImage,然后只是安装其他东西.

现在,说得baseImage更新.我拉了更新docker pull baseImage.现在,如果我docker run extendedImage,它会反映所做的改变baseImage吗？或者必须首先我docker build extendedImage 再次得到它反映更新baseImage？

无法找到答案 - 在ggplot2中,是否可以在列的函数上进行分析,而不是直接对列的值进行分析？

简单可重复的例子:

样本数据:

df=data.frame(dat=c(1,2,5,5,7))

这有效:

ggplot(df, aes(x=1:5, y=dat, colour=factor(dat > 3))) + 
       geom_point() + facet_grid(dat ~ .)

这不是:

ggplot(df, aes(x=1:5, y=dat, colour=factor(dat > 3))) + 
       geom_point() + facet_grid((dat > 3) ~ .)

一种解决方案是为方面添加一列.这有效:

df$facet=df$dat>3
ggplot(df, aes(x=1:5, y=dat, colour=factor(dat > 3))) + 
       geom_point() + facet_grid(facet ~ .)

但有没有办法在不必向data.frame添加新列的情况下执行此操作？

在R中,如果我创建一个环境然后用于with评估该环境中的函数,则该函数通常可以访问变量.但是,如果我嵌套函数,由于某种原因,它们会超出范围.你能解释一下为什么会这样吗？

例:

使用名为的变量创建新环境 x

E = new.env();
E$x = c(1,2,3)

使用with我可以打印这个变量:

with(E, print(x));
#[1] 1 2 3

但是现在如果我嵌套这个函数,它就不再起作用了:

printMe = function() { print(x); }
with(E, printMe())
#Error in print(x) : object 'x' not found

我知道我可以让它再次起作用:

printMe = function(x) { print(x); }
with(E, printMe(x))
#[1] 1 2 3

但我不明白 - 如果with创建一个环境,为什么嵌套函数看不到x？如果你附上它可以工作:

attach(E)
printMe()
#[1] 1 2 3

我想我只是缺少一些关于范围界定的东西,但推荐的方法是什么？或者,以另一种方式提出我的问题:为什么不能在with访问自由变量中嵌套函数？

roxygen2NAMESPACE将根据我的包文档中的指令自动构建一个文件@import。但显然，我如何排序指令并不重要@import，它总是按字母顺序添加导入。

这给我带来了问题：我正在开发一个需要同时导入IRanges和 的包data.table。这两个包都定义了一个名为 的函数shift，因此导入顺序很重要（shift环境中的函数将来自最后加载的包）。

在我的 roxygen2 代码中，我说：

@import data.table
@import IRanges

我把它放在第一位data.table是因为我希望shift函数 fromIRanges覆盖函数 fromdata.table但行的顺序@import似乎并不重要，因为总是将导入行放入文件roxygen2中。然后我收到这条消息：NAMESPACEIRanges

2：加载时用“data.table::shift”替换先前导入的“IRanges::shift”...

我希望情况正好相反；但实际上，即使我碰巧在这里很幸运，我也不想依赖字母顺序来工作。有什么办法可以控制这个吗？

编辑：我相信data.table是在后面，IRanges因为 theI是大写的。

你能写一个打印出自己名字的功能吗？

(显然没有硬编码)

我喜欢自动评论功能Ctrl + /,但我希望能够随意更改它使用的角色.我看过许多类似的问题这一个,但它不完全是一个通用的解决方案.

如何让评论角色使用不同的东西？具体的用例是我正在编写R代码并使用Roxygen2作为文档.这#'用作注释字符,而不仅仅是#.所以我想设置sublime使用,#'因为我不能将它用于Roxygen2评论.

关于Sublime2的问题,就像这个,引用'.tmPreferences'文件,但我在Sublime 3安装中找不到任何这样的文件.如果答案仍然是这些文件,它们在哪里存储在Sublime 3中？

在开发 R 包时，我想使用R'smessage()或warning()函数为我的包用户生成输出。

有时这些消息可能很长。我可以做到这一点（文字只是一个简单的例子）：

message("If you got to this point in the code, it means the matrix was empty. Calculation continues but you should consider re-evaluating an earlier step in the process")

太棒了……但是为了风格，我也希望我的代码行少于 80 个字符，这样它们就可以很好地适应窄屏、GitHub 等。然后我可以使用 IDE 代码重排工具轻松地重新格式化我的消息如果它改变。

所以我试试这个：

message("If you got to this point in the code, it means 
the matrix was empty. Calculation continues but you should consider
 re-evaluating an earlier step in the process")

这解决了我的代码标准——它少于 80 个字符行并且可以按预期回流。但这在我的消息输出中保留了空格，我也不想要：

If you …