我在R中使用ape(分析系统发育和进化)包,它具有树状图绘制功能.我使用以下命令以Newick格式读取数据,并使用绘图函数绘制树形图:
__CODE__
__CODE__
__CODE__
由于数据集非常大,因此无法在树的较低层中看到任何细节.我只看到黑色区域,但没有细节.我只能从顶部看到几个级别,然后没有细节.
我想知道绘图功能是否有任何缩放功能.我尝试使用xLim和yLim来限制区域,但是,它们只是限制了区域,并且不进行缩放以使细节可见.缩放或在不缩放的情况下使细节可见将解决我的问题.
我也很高兴知道任何其他包,功能或工具,可以帮助我克服这个问题.
谢谢.
我有一个混淆矩阵，使得：
a b c d e f g h i j
a 5 4 0 0 0 0 0 0 0 0
b 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
c 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0
d 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
e 2 0 0 0 2 0 0 0 0 0
f 1 0 0 0 0 2 0 0 0 0
g 0 0 …如何将树(我的Java程序的输出)转换为R中的树形图？
目前,我正在使用此处给出的建议将树转换为Newick格式.然后我使用apeR中的包来读取Newick格式的树:
library("ape")
cPhylo <- read.tree(file = "gc.tree")
最后我as.hclust在R中使用将树转换为树形图:
dendrogram <- as.hclust(gcPhylo)
但是,树形图需要分支长度.虽然我插入分支长度,但我收到一个错误,说树不是超参数:
as.hclust.phylo(gcPhylo)中的错误:树不是超参数
我想在插入分支长度时我做错了什么.
还有其他方法可以遵循吗？或者如何在将树转换为Newick格式时插入分支长度？等分支长度没问题.