小编abr*_*ham的帖子

使用 R 中的plotly 进行 3D 绘图

我有2个数据框:

df1

           SeqTech      NMDS1       NMDS2        NMDS3         C1           C2          C3
AM.AD.1     Sanger -1.2408789  0.39893503 -0.036690753 -1.0330785 -0.009904179 -0.06261568
AM.AD.2     Sanger -0.9050894  0.55943858 -0.121985899 -1.0330785 -0.009904179 -0.06261568
AM.F10.T1   Sanger -0.9059108  0.09466239 -0.033827792 -1.0330785 -0.009904179 -0.06261568
AM.F10.T2   Sanger -0.8511172  0.21396548 -0.061612450 -1.0330785 -0.009904179 -0.06261568
DA.AD.1     Sanger -1.1390353  0.05166118  0.306245704 -1.0330785 -0.009904179 -0.06261568
DA.AD.1T    Sanger -1.2072895  0.06963215  0.241758582 -1.0330785 -0.009904179 -0.06261568
DA.AD.2     Sanger -1.1279367 -0.18692443 -0.092967153 -1.0330785 -0.009904179 -0.06261568
DA.AD.3     Sanger -1.3517083 -0.03651835  0.008165075 -1.0330785 -0.009904179 -0.06261568
DA.AD.3T    Sanger -1.2616186 -0.06099534 -0.016942073 -1.0330785 -0.009904179 …
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3d r plotly

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将文本添加到 fasta 文件的标头

我有一个基因组的 fasta 文件(txt),类似于:

$ cat Strain-01.faa
>IMEHDJCA_03186 Serine/threonine-protein phosphatase 2
MEFKHRFIDGSRYQRIFVIGDIHGKLALLQDTLKRVDFHGERDLLISVGDLIDRGPDSVG
VLDYYQTHDWFEAVMGNHEWMMVNALDAQNKLERSEKEAYFIKIWHRNGCEWSQNL
>IMEHDJCA_03187 Serine transporter
MKESRETLNFSDTLPTETWTKHDTHWVLSLFGTAVGAGILFLPINLGIGGFWPLVLLALL
AFPMTFWGHRALARFVLSSKQADADFTDVVEEHFGAKAGRLISLLYFLSIFPILLIYGVG
>IMEHDJCA_03189 hypothetical protein
MNNQRHGITFGIERIGSQTILVFKATGTLTHQDYQAIAPVLEAALAGINRQQMNMLADIS
EFSGWEPRAAWDDFQLGLKIGFSVNKVAVYGDKNWQELAAKVGSWFISGEMKSFGD
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

我想添加一个基于 file.txt 中的列表的额外 ID。

$ cat file.txt
ID      Gene        Strain-01       Strain-02       Strain-03
ID_01   pphB        IMEHDJCA_03186  DIBHEKPI_01648  LLMDBGDK_00598
ID_02   group_1001  IMEHDJCA_03187  DIBHEKPI_01635  LLMDBGDK_00611
ID_03   group_1002  IMEHDJCA_03189  DIBHEKPI_01628  LLMDBGDK_00616
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例如,对于 fastaStrain-01.faa文件,其IMEHDJCA_03186id 对应于Strain-01,因此我想将ID_01列 ID 的编号(来自file.txt)添加到序列的标题中,如下所示:

  • ID_01对应于IMEHDJCA_03186
  • ID_02对应于IMEHDJCA_03187
  • ID_03对应于IMEHDJCA_03189

结果会是这样的:

$cat Strain-01_edited.faa
>ID_01 IMEHDJCA_03186 Serine/threonine-protein phosphatase …
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bash awk r fasta str-replace

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