有一半的时间，在没有模式的情况下，即使我增加了 max.print 和 R studio 中的全局选项，我也会从输出中省略行。详情如下：
我正在大型数据集（14 个变量的超过 100,000 个观察值）上运行 lmer 模型，包如下：lme4、lmerTest、tidyverse、lsmeans
我有几个单独运行的数据集，但这些数据集在设计上彼此没有什么不同，并且它们都源自同一个母数据集。我只是删除了每个数据集中的某些行来回答不同的问题。每个数据集中的变量包括小时、位置、日期、深度、温度和转换后的深度以满足假设。
由于某种原因，在我运行 lsmeans() 函数进行成对比较后，有一半的时间省略了行：[达到 getOption("max.print") -- 省略 110 行]
示例代码：
ft.model = lmer(dep.variable ~ fixed.factor + (1|random.factor), data = dataset)
anova(ft.model)
plot(ft.model, main = "residuals/fitted ft.model")
lsmeans(ft.model, pairwise~fixed.factor, adjust = "Tukey", max.print = 9999)
所以我的一些变量看起来像这样：
ft.hrdepth = lmer(depth ~ hr + (1|FishID), data = all)
anova(ft.hrdepth)
plot(ft.hrdepth, main = "residuals/fitted ft.hrdepth")
lsmeans(ft.hrdepth, pairwise~hr, adjust = "Tukey", max.print = 9999)
我尝试添加 max.print 参数并增加到 10000、10000000、9999、99999999、Inf 和其他组合。我还进入了 RStudio 设置，并将显示的行数限制更改为类似的数字：工具 > 全局选项 …