小编sag*_*gar的帖子

我有一个fasta格式文件,其中我只需要保留那些长度小于100的节点.但是,我目前面临的问题是我能够分离节点但是无法放置每个节点的字符在单独的变量中,其长度可以检查并随后将必需的节点与较长的节点分开.所以我的意思是我能够读取标题和单独的节点,但我如何将每个节点中的字符放在变量中.

这是我的数据样本

>NODE_1
GTTGGCCGAGCCCCAGGACGCGTGGTTGTTGAACCAGATCAGGTCCGGGCTCCACTGCAC
GTAGTCCTCGTTGGACAGCAGCGGGGCGTACGAGGCCAGCTTGACCACGTCGGCGTTGCG
CTCGAGCCGGTCATGAACGCGGCCTCGGCGAGGGCGTTCTTCCAGGCGTTGCCCTGGGAA

>NODE_2
CCTCCGGCGGCACCACGGTCGGCGAGGCCCTCAACATCCTGGAGCGCACCGACCTGTCCA
CCGCGGACAAGGCCGGTTACCTGCACCGCTACATCGAGGCCAGCCGCATCGCGTTCGCGG
ACCGCGGGCGCTGGGTCGGCGACCCCGCCTTCGAGGACGTAC

>NODE_3
CCTCCGGCGGCACCACGGTCGGCGAGGCCCTCAACATCCTGGAGCGCACCGACCTGTCCA
CCGCGGACAAGGCCGGTTACCTGCACCGCTACATCGAGGCCAGCCGCATCGCGTTCGCGG
ACCGCGGGCGCTGGGTCGGCGACCCCGCCTTCGAGGACGTACATCATTCCTTAATCTTCC

我的代码:

x <- readLines("1.fa", n = -1L, ok = TRUE, warn = TRUE)

for (i in 1:length(x)) {
    if (substr(x[i],1,1)=='>') {
        head <- c(head,x[i])
        q <- x[i+1] 
        if (q=!0) {
            contig <- c(contig,q)
            print(contig)       
            contig.length <- c(contig.length, nchar(q))
        } else {
            break
        }
    } else {
        z <- paste(z,x[i], sep=" ")
    }
}