小编Rey*_*neh的帖子

我正在使用C#,我有两个list<AACoordinate>,其中这些列表中的每个元素用x,y和z表示空间中的3D点.

 class AACoordinate
    {
        public  int ResiNumber { get; set; }
        public double x { get; set; }
        public double y { get; set; }
        public double z { get; set; }
    }

每个列表可以包含2000个或更多点,我的目的是将list1的每个点与list2的所有点进行比较,如果距离小于特定的数字,我会记录它.目前我使用foreach将list1的每个元素与list2的所有元素进行比较.由于点数的原因,这很慢.你有什么建议让它快速吗？

我的循环是:

 foreach (var resiSet in Program.atomList1)
        {
            foreach (var res in Program.atomList2)
            {
                var dis = EuclideanDistance(resiSet, res);
                if (dis < 5)
                    temp1.Add(resiSet.ResiNumber); 
            }
        }

在此先感谢您的帮助.

我是R的新手,我遇到了问题.我试图在表中读取一组数据,我想执行线性建模.以下是我读取数据和变量名称的方法:

>data =read.table(datafilename,header=TRUE)
>names(data)
[1] "price"     "model"     "size"   "year"   "color"

我想要做的是使用变量的不同组合(价格是目标)创建几个线性模型,例如:

> attach(data)
> model1 = lm(price~model+size)
> model2 = lm(price~model+year)
> model3 = lm(price~model+color)
> model4 = lm(price~model+size)
> model4 = lm(price~size+year+color)
#... and so on for all different combination...

我的主要目的是比较不同的模型.是否有更聪明的方法来生成这些模型而不是对变量进行硬编码,尤其是在某些情况下我的变量数量将增加到13左右.

我保存了一个残基编号列表， centerResidueList = [100, 140, 170, 53]我正在尝试从这组残基中获取所有相邻的残基。
目前我正在使用下面的脚本，我是否处理了整个 PDB 文件并生成了一个距离为 10.0 的原子对列表，然后遍历列表并检查列表中的残基编号是否all_neighbors对应于centerResidueList.

from Bio.PDB import *

centerResidueList = [100, 140, 170, 53]
neighbours_resi_number = []
structure = PDBParser().get_structure('X', "1xxx.pdb") 
atom_list = Selection.unfold_entities(structure, 'A') 
ns = NeighborSearch(atom_list)
all_neighbors = ns.search_all(10.0, "R") 
for residuepair in all_neighbors:
    resi_number = residuepair[0].id[1]
    if resi_number in centerResidueList:
        resi_number_partner = residuepair[1].id[1]
        neighbours_resi_number.append(resi_number_partner)

首先，我如何只创建atom_listusing CA 原子？

其次，residuepair[0].id[1]生成残差数的方法是否正确（它有效，但有没有办法得到它）？

最后，有没有更好的解决方案来实现这一目标？

我有一个镶木地板文件，它有一个包含几列的简单文件架构。我使用下面的代码将其读入python

from fastparquet import ParquetFile
pf = ParquetFile('inout_files.parquet')

这运行良好，但是当我使用下面的代码将其转换为 pandas 时，出现以下错误：

df = pf.to_pandas()

错误是：

 NotImplementedError: Encoding 4

Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

为了找到错误的来源，我分别df=pf.to_pandas(columns=col_to_retrieve)添加了列，并注意到错误是从具有字符串列表（例如（“a”、“b”、“c”））作为每个单元格值的列之一引发的列。

您知道如何将它转换为 Pandas 吗？知道有类型为 set(string) 的列吗？