小编Bac*_*lin的帖子

当使用浏览器调试在多个级别调用其他函数的函数时,通常很难知道要检查特定变量的级别.它是隐蔽当函数包含apply,sapply,lapply呼叫产生中间水平.有没有办法在堆栈的所有级别上按名称搜索变量？

假设我有以下函数,产生错误f3.我假设当进入第5级时,我应该能够列出我当前所在环境之上的任何环境的内容,以某种方式使用pos或envir参数,但我无法弄清楚如何.我怎么能找到v2？

f1 <- function(){
    v1 <- 1
    sapply(1:3, f2)
}
f2 <- function(...){
    v2 <- 2
    f3()
}
f3 <- function(){
    v3 <- 3
    stop("Oh no!")
}
> options(error=recover)
> f1()

Error in f3() : Oh no!

Enter a frame number, or 0 to exit

1: f1()
2: #3: sapply(1:3, f2)
3: lapply(X = X, FUN = FUN, ...)
4: FUN(1:3[[1]], ...)
5: #3: f3()

经过长时间的努力，我在 Debian Wheezy 上配置了 R Server 和 rApache。我能够安装软件包并做一些事情。但是当我编写一些函数时，我收到主题行中提到的错误。

当我写这个命令时 - Sys.getlocale(). 我得到的答复是"C"。

尝试搜索论坛，但我找不到。请一些人帮助我找到解决方案。

提前致谢！！

我正在 20 个核心上使用parLapply函数。我想其他功能也是一样的parSapply......

首先，将簇作为参数传递给函数以便该函数可以在不同的子函数之间调度簇的使用是一种不好的做法吗？

其次，我将此集群参数传递给一个函数，因此我认为每次使用时它都是同一个集群parLapply，每次调用都使用新集群会更好吗parLapply？

谢谢

参考值

我在ssh可访问的服务器上有一个私有R包存储库.在服务器上运行R时,我可以install.packages通过设置以下选项从repo安装软件包

options(repos=c("http://ftp.sunet.se/pub/lang/CRAN",
                "file:///path/to/repo/base/directory"))
install.packages("myPrivateGoodies")

是否可以通过在ssh上设置URL来从本地计算机上的R会话执行相同的操作？我想它应该很容易设置,但我无法使用以下任何工作:

options(repos=c("http://ftp.sunet.se/pub/lang/CRAN",
                "ssh://user@server:/path/to/repo/base/directory",
                "sftp://user@server:/path/to/repo/base/directory"))

该手册没有提及ssh,但声称https通常不起作用,所以也许ssh也有问题.RSA认证得到了处理,~/.ssh/config我可以毫无问题地连接到终端的回购sftp user@server:/path/to/repo/base/directory(无需输入任何密码).

更新

按照@spacedman的建议并使用本指南,我设法让它像我想要的那样无缝地工作.

在bash中

$ sshfs server:/path/to/repo/base/directory ~/mnt/remote-repo

然后在R

options(repos=c("http://ftp.sunet.se/pub/lang/CRAN",
                "file:///home/backlin/mnt/remote-repo"))

当将图像或热图绘制到pdf时,如下例所示,它们被保存为矢量对象,其中热图中图像或单元格中的每个像素都用正方形表示.即使在适度的分辨率下,这也会导致不必要的大文件,这些文件也会在某些设备上呈现丑陋.有没有办法让R只将图像区域保存为嵌入在pdf中的png或jpg,但保留文本,轴,anotations等作为矢量图形？

我问,因为我经常打印R图形,有时在大型海报上,并希望结合两个世界中最好的.当然,我可以将整个数字保存为高分辨率png,但不会那么优雅,或者手动组合,例如在Inkscape中,但它非常繁琐.

my.func <- function(x, y) x %*% t(y)
pdf(file="myPlot.pdf")
image(my.func(seq(-10,10,,500), seq(-5,15,,500)), col=heat.colors(100))
dev.off()

感谢您的时间,想法和希望解决方案!

我有一个url http://anexampleproject/api/players ,它返回json格式的播放器列表.

如何在控制台中创建模型和集合以及警报名称.

url返回json的示例:

 [
       {
          "id": 1,
          "name": "Lily",
          "age": 14,
          "city": New York,
       },
       {
         "id": 2,
         "name": "BIlly",
          "age": 14,
          "city": New York,
      }
    ]

我试图绘制生存函数的倒数,因为数据实际上是一个事件随时间的比例增加.我可以生产Kaplan-Meier生存地块,但我希望生成这些的"相反".我可以通过以下方式得到我想要的东西fun="cloglog":

plot(survfit(Surv(Days_until_workers,Workers)~Queen_Number+Treatment,data=xdata),
     fun="cloglog", lty=c(1:4), lwd=2, ylab="Colonies with Workers",
     xlab="Days", las=1, font.lab=2, bty="n")

但我完全不明白它对时间的影响(即不是从0开始,距离减少？),以及为什么生存线延伸到y轴以上.

真的很感激一些帮助!

干杯

我试图用黑色为我的箱线图中的异常值着色.我设法用灰色为盒子上色,但我无法弄清楚如何给异常值着色.(图表上的白点)

boxplot(y1$Frequency..times., col="grey")

在此先感谢您的帮助

默认情况下,scikit-learn的所有正则化线性回归技术都将模型系数拉w向0 alpha.是否有可能将系数拉向某些预定值？在我的应用程序中,我确实有这样的值,这些值是从先前对类似但更大的数据集的分析中获得的.换句话说,我可以将知识从一个模型转移到另一个模型吗？

该文件LassoCV说:

Lasso的优化目标是:

(1 / (2 * n_samples)) * ||y - Xw||^2_2 + alpha * ||w||_1

Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

从理论上讲,w0通过将上述变为上述,可以很容易地合并先前获得的系数

(1 / (2 * n_samples)) * ||y - Xw||^2_2 + alpha * ||w - w0||_1

Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

问题是实际的优化是由Cython函数enet_coordinate_descent(通过lasso_path和调用enet_path)执行的.如果我想更改它,我是否需要分叉,修改和重新编译整个sklearn.linear_model包或重新实现整个优化例程？

玩具示例

以下代码定义了X具有4个要素和匹配响应向量的数据集y.

import numpy as np
from sklearn.linear_model import LassoCV

n = 50
x1 = np.random.normal(10, 8, n)
x2 = np.random.normal(8, 6, …

我biomaRt在R中用来查询ensembl的hsapiens人类基因数据库.我正在使用该函数getBM来获取所有基因的名称,起始位置和停止位置,但我找不到用于检索TSS(转录起始位点)的正确属性.可能是因为它被认为与seqType= c("3utr", "5utr")？相同？