我目前正在 Linux 集群上用 R 运行一些物种分布建模和丰富度映射。为了运行我的分析,我需要安装 rgdal,以便建模包中的栅格函数正常工作。我已经安装了 proj4 和 gdal。但是,当我尝试安装 rgdal 时,我收到一条错误消息:
checking for gdal-config... no
no
configure: error: gdal-config not found or not executable.
ERROR: configuration failed for package 'rgdal'
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这是我用来安装 rgdal 软件包的命令:
install.packages("rgdal", configure.args=c("--with-proj-include=/home/nikhail1/bin/proj-4.9.2/bin", "--with-proj-lib=/home/nikhail1/bin/proj-4.9,2/lib"))
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然而,尽管存在 gdal-config 错误,gdal 似乎已安装到我的本地系统上(二进制文件和库文件夹存在于我安装它们的地址中)。在 gdal 安装过程中我也没有看到任何错误消息。为什么会出现这个错误?如何让 R 识别出已安装此依赖项,或者如果确实存在问题,我该如何识别它?我在网上找到的大多数解决方案都是特定于我没有使用的 Debian 和 Ubuntu 系统的。我无权使用 sudo apt-get 或 yum 命令。因为我只安装了 proj 4.9.2,所以我缺少 gdal 的任何依赖项吗?
我是 Linux 系统以及 rgdal 和 gdal 软件包的新手。
非常感谢您的帮助
亲切的问候,
尼哈伊尔
我已经成功安装了该rgdal软件包以及依赖项 GDAL 和 Proj4。安装后,我成功地在 R 中加载了具有该library功能的包。然而,在我最近一次登录后,当我输入命令时,library(rgdal)我收到一条错误消息:
Error: package or namespace load failed for 'rgdal' in dyn.load(file,
DLLpath = DLLpath, ...):
unable to load shared object '/home/nikhail1/R/x86_64-pc-linux-gnu-
library/3.4/rgdal/libs/rgdal.so':
libgdal.so.20: cannot open shared object file: No such file or directory
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我知道这意味着没有指向 libgdal 文件的链接,但我不确定如何修复它。libgdal.so.20 位于 /home/nikhail1/bin/gdal/lib/ 下的系统中。rgdal.so 文件位于我的 /home/nikhail1/ 系统中 R 库的 rgdal 文件夹下。我没有权限ldconfig在共享库上执行某个功能(我是新手)。有没有人有一个功能可以帮助我让系统识别到 libgdal.so.20 的路径。我在 Linux CentOs 6.9 系统上工作。我不能执行任何sudo apt-get,yum或brew功能。
非常感谢,尼哈伊尔