小编Tay*_*rer的帖子

所以我使用all_shortest_paths来获取输出，如下所示：

PathsE

$res[[1]]
+ 4/990 vertices, named:
[1] Sortilin  GGA1      Ubiquitin PIMT     

$res[[2]]
+ 4/990 vertices, named:
[1] Sortilin TrkA     PLK1     PIMT    

$res[[3]]
+ 4/990 vertices, named:
[1] Sortilin APP      JAB1     PIMT  

我想将其转换为数据框，以便可以对其进行操作。作为参考，我希望数据框看起来像这样：

                  Prot1      Prot2   Prot3   Prot4
         Pathway1 Sortilin   GGA1    PLK1    PIMT
         Pathway2 Sortilin   TrkA    PLK1    PIMT 
         Pathway3 Sortilin   APP     JAB1    PIMT               

*我知道如何更改
我尝试过的轴名称

PathsDF<-as.data.frame(PathsE)

但是我得到这个错误：

as.data.frame.default（x [[i]]，可选= TRUE）中的错误：无法将类“ igraph.vs”强制转换为data.frame

我也试过这个：

PathDF <- as.data.frame(get.edgelist(PathsE))

但是我得到这个错误

get.edgelist（PathsE）中的错误：不是图形对象

当我使用检查数据结构时

class(PathsEF)

它说这是一个清单。但是当我使用

str(PathsE)

它看起来像这样：

..$ :Class 'igraph.vs'  atomic [1:4] 338 204 40 913 …

基本上，我有一个数据框，df

                  Beginning1 Protein2    Protein3    Protein4    Biomarker1
      Pathway3    A         G           NA           NA           F
      Pathway8    Z         G           NA           NA           E
      Pathway9    A         G           Z            H            F
      Pathway6    Y         G           Z            H            E
      Pathway2    A         G           D            NA           F
      Pathway5    Q         G           D            NA           E
      Pathway1    A         D           K            NA           F
      Pathway7    A         B           C            D            F
      Pathway4    V         B           C            D            E

我想组合数据框，以便从“Protein2”到“Protein4”相同的那些行是浓缩的，给出以下内容：

            Beginning1 Protein2     Protein3     Protein4     Biomarker1
Pathway3    A,Z         G           NA           NA           F,E
Pathway9    A,Y         G           Z            H            F,E
Pathway2    A,Q …