我正在探索一些生物信息学数据，我喜欢尽可能使用 R 笔记本（即 Rmarkdown）。现在，我需要使用命令行工具来分析 VCF 文件，我想通过 Rmarkdown 笔记本中的 Bash 代码块来进行分析。
问题是我要使用的命令已安装conda到我的 conda 环境中。该工具是bcftools。当我尝试访问此命令时，出现此错误（代码块被注释掉以显示 rmarkdown 代码块格式）：
#```{bash}
bcftools view -H test.vcf.gz
#```
/var/folders/9l/phf62p1s0cxgnzp4hgl7hy8h0000gn/T/RtmplzEvEh/chunk-code-6869322acde0.txt: line 3: bcftools: command not found
而如果我从终端运行，我会得到输出（使用名为“binfo”的 conda 环境）：
> bcftools view -H test.vcf.gz | head -n 3
chr10 78484538 . A C . PASS DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024109 GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4 0/0:.:34:33:0:0%:0,33,0,0 0/1:.:23:19:4:17.39%:1,18,0,4
chr12 4333138 . G T . PASS DP=119;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034921 GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4 0/0:.:72:71:1:1.39%:71,0,1,0 0/1:.:47:42:5:10.64%:42,0,5,0
chr15 75086860 . C T . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013095 GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4 0/0:.:15:15:0:0%:4,11,0,0 0/1:.:13:8:5:38.46%:5,3,1,4
(binfo)
那么，如何从 R …