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我正在尝试将 Snakemake 与 Singularity 结合起来，并且我注意到awk在使用 Singularity 时一个简单的命令不再起作用。在$1最后一行被取代的bash，而不是被用来作为第一个字段awk。

这是一个最小的工作示例（Snakefile）：

singularity: "docker://debian:stretch"
rule all:
    input: "test.txt"
rule test:
    output: 
        "test.txt"
    shell:
        "cat /etc/passwd | awk -F':' '{{print $1}}' > {output}"

当我在snakemake没有奇点的情况下运行时，输出test.txt看起来如预期（仅包含用户名）。当我运行时snakemake --use-singularity，文件包含整行，例如root:x:0:0:root:/root:/bin/bash.

这是 Snakemake 的日志：

$ snakemake --use-singularity --printshellcmd                                                                                                               
Building DAG of jobs...
Using shell: /usr/bin/bash
Provided cores: 1
Rules claiming more threads will be scaled down.
Job counts:
        count   jobs
        1       all
        1       test
        2 …