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我想使用bash来处理制表符分隔文件.我只需要第二列,第三列是新文件.

我的目录中有两种类型的文件.每种类型都有文本"Drug_Rep",如果不存在,则表示它是一个控制文件.药物数据具有重复数量,其数量可以变化,对照也是如此.我正在读取for循环中的文件,如下所示.我想将我的数据帧命名为X_Drug_Rep1,然后将下一个命名为X_Drug_Rep2,依此类推...并保存数据帧以供进一步处理.对控件执行相同操作... X_CONTROL_Rep1 ... X_CONTROL_Rep2 ...依此类推.将数据保存到数据帧的语法是什么,因为我需要稍后在药物复制数据帧和控件上进行一些合并和计算.粘贴在作业的左侧似乎不起作用.有什么建议？

for (f in 1:length(fileList)){
    fileName <- fileList[f]
    X <-read.xls(fileName)

    if(regexpr("Drug_Rep", fileName)[1]>0){
      print("DRUG")
      print(fileName)
      paste(X_Drug_Rep,i)<-X
      i=i+1
    }
    else{
      print("CONTROL")
      print(fileName)
      paste(X_CONTROL,j)<-X
      j=j+1
    }
  }

我有以下数据帧(df1):

ID    someText    PSM OtherValues
ABC   c   2   qwe
CCC   v   3   wer
DDD   b   56  ert
EEE   m   78  yu
FFF   sw  1   io
GGG   e   90  gv
CCC   r   34  scf
CCC   t   21  fvb
KOO   y   45  hffd
EEE   u   2   asd
LLL   i   4   dlm
ZZZ   i   8   zzas

Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

我想折叠第一列并添加相应的PSM值,我想得到以下输出:

ID  Sum PSM
ABC 2
CCC 58
DDD 56
EEE 80
FFF 1
GGG 90
KOO 45
LLL 4
ZZZ 8

它似乎可以使用聚合函数,但不知道语法.任何帮助真的很感激!谢谢.

我想做以下事情,如果有人能帮我完成这件事,我真的很感激:

我有两个名为File1.txt和File2.txt的tab-delim文件(如下所示).如果File2.txt中的第二列(整数)在File2.txt的第3列(整数)中找到,那么我想创建new_File1.txt和new_File2.txt并继续追加行.

FILE1.TXT:

1   80  xyc
1   304 xyv
1   813653  xyb
1   813661  xyn
1   954653  xym

FILE2.TXT:

abvb    1   178
aaa 1   304 
ttt 1   353
ggg 1   98971
ghj 1   813653

例如,我的new_File1.txt将如下所示:

new_File1.txt:

1   304 xyv
1   813653  xyb

new_File2.txt:

aaa     1   304
ghj     1   813653

感谢大家的帮助!我用过 :

join -1 2 -2 3 -t '\t' file1.txt file2.txt

但它给了我以下输出:

\1      80      xyc\abvb        1       178
\1      80      xyc\aaa 1       304
\1      80      xyc\ttt 1       353
\1      80      xyc\ggg 1 …

我有这个perl脚本,我需要分发给想要在unix环境中的任何地方运行脚本的同事.我能做些什么才能让他们轻松运行这个PERL脚本？例如,他们可以在目录中的某个位置放置PERL脚本,然后只运行输入

./xyz.pl ttt.conf

没有声明路径(如/home/abc/bin/ddd/xyz.pl ttt.conf).

我想把整行作为输出.例如,当我键入kp1时,我希望整行CVBN ....返回.

begin abc
CVBN(r,t,t) + PPP(l,r) <-> ZEK(r!1).R(l!1,r) kp1,km1
TNBC(l,r) + SSR(r,t,t) <-> KPT(l,r!1).XXXX(l,r!1) kp2,km2
TLCX(l!+,(r,t,t)) + VV(l!+,r) <-> BB(l!+,r!1).R(l!+,r!1) kp3,km3
end abc

我尝试了以下方法:

Pattern pattern = Pattern.compile("kp1");
Matcher matcher = pattern.matcher(mytextFromAbove);

// Find all matches
while (matcher.find()) 
{
    // Get the matching string
    match = matcher.group();
}

这只返回子串kp1.任何帮助都非常感谢.

谢谢.

我有以下fasta文件:

'>gi|277456704|dbj|ID_P|Gene name LLL
MDGFAGSLDDSISAASTSDVQDRLSALESRVQQQEDEITVLKAALADVLRRLAISEDHVASVKKSVSSKV
YRRKHQELQAMQMELQSPEYKLSKLRTSTIMTDYNPNYCFAGKTSSISDLKEVPRKNITLIRGLGHGAFG
EVYEGQVSGMPNDPSPLQVAVKTLPEVCSEQDELDFLMEALIISKFNHQNIVRCIGVSLQSLPRFILLEL
MAGGDLKSFLRETRPRPSQPSSLAMLDLLHVARDIACGCQYLEENHFIHRDIAARNCLLTCPGPGRVAKI
GDFGMARDIYRASYYRKGGCAMLPVKWMPPEAFMEGIFTSKTDTWSFGVLLWEIFSLGYMPYPSKSNQEV
LEFVTSGGRMDPPKNCPGPVYRIMTQCWQHQPEDRPNFAIILERIEYCTQDPDVINTALPIEYGPLVEEE

'>gi|27704|dbj|ID_Y|Gene name JJJ
MDGFAGSLDDSISAASTSDVQDRLSALESRVQQQEDEITVLKAALADVLRRLAISEDHVASVKKSVSSKG
SELRGGYGDPGRLPVGSGLCSASRARLPGHVAADHPPAVYRRKHQELQAMQMELQSPEYKLSKLRTSTIM
TDYNPNYCFAGKTSSISDLKEVPRKNITLIRGLGHGAFGEVYEGQVSGMPNDPSPLQVAVKTLPEVCSEQ
DELDFLMEALIISKFNHQNIVRCIGVSLQSLPRFILLELMAGGDLKSFLRETRPRPSQPSSLAMLDLLHV
ARDIACGCQYLEENHFIHRDIAARNCLLTCPGPGRVAKIGDFGMARDIYRASYYRKGGCAMLPVKWMPPE

'>gi|2097704|dbj|ID_X|Gene name X
MDGFAGSLDDSISAASTSDVQDRLSALESRVQQQEDEITVLKAALADVLRRLAISEDHVASVKKSVSSKG
QPSPRAVIPMSCITNGSGANRKPSHTSAVSIAGKETLSSAAKSGTEKKKEKPQGQREKKEESHSNDQSPQ
IRASPSPQPSSQPLQIHRQTPESKNATPTKSIKRPSPAEKSHNSWENSDDSRNKLSKIPSTPKLIPKVTK
TADKHKDVIINQEGEYIKMFMRGRPITMFIPSDVDNYDDIRTELPPEKLKLEWAYGYRGKDCRANVYLLP
TGEIVYFIASVVVLFNYEERTQRHYLGHTDCVKCLAIHPDKIRIATGQIAGVDKDGRPLQPHVRVWDSVT
LSTLQIIGLGTFERGVGCLDFSKADSGVHLCVIDDSNEHMLTVWDWQRKAKGAEIKTTNEVVLAVEFHPT

我想循环通过FASTA,将蛋白质序列分解为它遇到的所有'R',这将生成肽,然后将肽进行爆破.从blastp获取结果并将blastp结果存储在fasta文件中每个蛋白质ID的单独文件中.我并不特别关注使用何种语言.我想学习如何做到这一点,以便我可以在它上面构建更多功能.谢谢!

我的测试文件的格式非常奇怪。第一行开头为：

如果我忽略第一行并使用 read.table 导入数据，它效果很好，但我没有列名。但是，如果我尝试使用 col.names=TRUE 导入数据，它会显示“列数多于列名”。我想我可以单独导入第一行和其余数据，并将第一个（即列名称）添加到最终输出文件中。但是当我导入第一行时：它完全忽略列名并跳转到 0 0 0 0.... 的行。是否因为第一行有一个 # 字符。而且由于 # 字符，数据中还有一个额外的空列。

我有一个数字，例如35。是否有一个函数 35+34+33.....+1 = 630 知道我有积，但是它更多用于数组而不是实数。