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如何在散点图中设置单个数据点的颜色R？

我在用 plot

任何人体都可以建议在R中绘制上三角矩阵或下三角矩阵的热图的函数

我有文本文件(seq.fasta),其中包含如下序列

M1

MPMILGYWNVRGLTHPIRMLLEYTDSSYDEKRYTMGDAPDFDRSQWLNEKFKLGLDFPNL
PYLIDGSHKITQSNAILRYLARKHHLDGETEEERIRADIVENQVMDTRMQLIMLCYNPDF
EKQKPEFLKTIPEKMKLYSEFLGKRPWFAGDKVTYVDFLAYDILDQYRMFEPKCLDAFPN
LRDFLARFEGLKKISAYMKSSRYIATPIFSKMAHWSNK

我必须提取主题PXXP正好4个字符(XX可以是任何字符).

我试过以下代码:

import re

infile=open("seq.fasta",'r')

out=open("out.csv",'w')

for line in infile:

   line = line.strip("\n")

   if line.startswith('>'):

      name=line

   else:

      motif = re.compile(r"(\bP{2}P\b)")

      c = line.count('motif')

      print '%s:%s' %(name,c)

      out.write('%s:%s\n' %(name,c))

但它找不到主题.

最近在stackoverflow的帮助下,我开始知道如何使用python匹配文本文件现在我面临着一些相同代码的小问题...它执行以下任务

输入程序是两个文本文件文件1

C1orf159

FAM79A

IGFBP2

RNF25
.

.

.

.

档案2

ACVR2B

CACNA1A

RNF25

IGF2

.

.

.

我写了一个python脚本来提取这两个文件之间的常用词,如下所示

file1=open("f1.txt","r")
file2=open("f2.txt","r")
file3=open("overlap.txt","w")

list1=file1.readlines()
list2=file2.readlines()

for line1 in list1:
     for line2 in list2:
       if line1.strip() in line2.strip():
          print line2
      file3.write(line2)

这给出了如下结果

RNF25

IGF2

.

.

.

但是在这个输出中存在一个问题第二个词IGF2在file1中不存在...脚本正在将文件1中的IGFBP2与IFG2匹配.意味着它正在寻找模式......我不想要这个我想要两个文件之间的完全匹配. .

任何人都可以帮助修改我的脚本以获得两个文件之间的完全匹配...

谢谢你

我有2列数据,数值如下,是制表符分隔格式:

Si1     Si2

8,99691 7,495936
7,7164173   8,092645
4,4428697   4,298263
7,4302206   7,189521
5,897344    5,316047
. 
.
.

为了计算这些之间的相关性,我写了R代码如下:

int<-read.table("data.txt",sep="\t",head=TRUE)
attach(int)
cor(int$Si1,int$Si2)

但它显示错误如下:

Error in cor(int$Si1,int$Si2) : 'x' must be numeric

谁能告诉我怎么解决这个问题？