我正在尝试学习 nextflow 但进展不太顺利。我从这个网站的教程开始：https://www.nextflow.io/docs/latest/getstarted.html（我是安装nextflow的人）。
我复制了这个脚本：
#!/usr/bin/env nextflow
params.str = 'Hello world!'
process splitLetters {
output:
file 'chunk_*' into letters
"""
printf '${params.str}' | split -b 6 - chunk_
"""
}
process convertToUpper {
input:
file x from letters.flatten()
output:
stdout result
"""
cat $x | tr '[a-z]' '[A-Z]'
"""
}
result.view { it.trim() }
但是当我运行它时（nextflow runtutorial.nf），在终端中我有这个：
N E X T F L O W ~ version 22.03.1-edge
Launching `tutorial.nf` [intergalactic_waddington] DSL2 - revision: be42f295f4
No such variable: result
-- …我试图扭转一个像正则表达式一样的主题.我的主题的一个例子:TA[TC]AA
当我使用函数(反向)时它将反转[成a ],所以我得到了类似的东西:AA]CT[AT我想要类似的东西AA[CT]AT.
我能做些什么？
非常感谢你的帮助!!
我找到了这个perl脚本,但我有太多的序列需要分析.我想知道是否可以对其进行优化？我在它上面推出了NYTProf,看到部分"计算匹配分数","计算差距分数"和"选择最佳分数"需要花费大量时间.我是否必须修改数据结构？谢谢您的帮助.
perl脚本的参考:
# Smith-Waterman Algorithm
# from this website http://etutorials.org/Misc/blast/Part+II+Theory/Chapter+3.+Sequence+Alignment/3.2+Local+Alignment+Smith-Waterman/
# Smith-Waterman Algorithm
# usage statement
die "usage: $0 <sequence 1> <sequence 2>\n" unless @ARGV == 2;
# get sequences from command line
my ($seq1, $seq2) = @ARGV;
# scoring scheme
my $MATCH = 1; # +1 for letters that match
my $MISMATCH = -1; # -1 for letters that mismatch
my $GAP = -1; # -1 for any gap
# initialization
my @matrix;
$matrix[0][0]{score} = 0;
$matrix[0][0]{pointer} = "none"; …