我正在尝试获取R中变量之间的Pearson相关系数。这是变量的散点图：

ggplot(results_summary, aes(x =D_in, y = D_ex)) + geom_point(col=ifelse(results_summary$FDR < 0.05, ifelse(results_summary$logF>0, "red", "green" ), "black"))

如您所见，变量之间的相关性很好，因此我期望相关系数很高。但是，当我尝试获得Pearson相关系数时，我得到的是NaN！

> cor(results_summary$D_in, results_summary$D_ex, method="spearman")
[1] 0.868079
> cor(results_summary$D_in, results_summary$D_ex, method="kendall")
[1] 0.6973086
> cor(results_summary$D_in, results_summary$D_ex, method="pearson")
[1] NaN

我检查了我的数据是否包含任何NaN：

> nrow(subset(results_summary, is.nan(results_summary$D_ex)==TRUE)) 
[1] 0
> nrow(subset(results_summary, is.nan(results_summary$D_in)==TRUE)) 
[1] 0
> cor(results_summary$D_in, results_summary$D_ex, method="pearson", use="complete.obs")
[1] NaN

但是似乎这不是产生NaN的原因。有人可以提供任何有关这里可能发生的情况的线索吗？

谢谢你的时间！

我有一个像这样的文件列表:

wgEncodeCaltechRnaSeqGm12878R1x75dFastqRep1.fastq.trim.tags.sam
wgEncodeCaltechRnaSeqGm12878R1x75dFastqRep2.fastq.trim.tags.sam
wgEncodeCshlLongRnaSeqGm12878CellPapFastqRd1Rep1.fastq.trim00.tags.sam
wgEncodeCshlLongRnaSeqGm12878CellPapFastqRd1Rep1.fastq.trim01.tags.sam
wgEncodeCshlLongRnaSeqGm12878CellPapFastqRd1Rep1.fastq.trim02.tags.sam
wgEncodeCshlLongRnaSeqGm12878CellPapFastqRd1Rep2.fastq.trim00.tags.sam
wgEncodeCshlLongRnaSeqGm12878CellPapFastqRd1Rep2.fastq.trim01.tags.sam
wgEncodeCshlLongRnaSeqGm12878CellPapFastqRd1Rep2.fastq.trim02.tags.sam
wgEncodeCshlLongRnaSeqGm12878CellPapFastqRd2Rep1.fastq.trim00.tags.sam
wgEncodeCshlLongRnaSeqGm12878CellPapFastqRd2Rep1.fastq.trim01.tags.sam

我想从文件名中删除Rd1,Rd2和.sam stings.使用以下bash脚本,我可以使用两个命令删除Rd1,Rd2和.sam字符串....

for i in $(ls)

do

echo "${i/Rd?/}"
echo "${i/.sam/}"

done

但我想知道如何一步完成两次换人你知道怎么做吗？

谢谢你的时间!

在我写的代码中,我需要交叉两个水平列表,如:

listA的:

chr1    aatt
chr8    tagg
chr11   aaaa
chr7    gtag

数组listB

chr8    tagt
chr1    tttt
chr7    gtag
chr11   aaaa
chr9    atat

#This lists are compounded by one str per line, wich it has a "/t" in the middle. 
#Also note that are in different order

我怎样才能得到这两个列表的交集？

期望的结果:

chr7    gtag
chr11   aaaa

我也可以生成每行两个字符串的列表,如下所示:\

listA的:

('chr1', 'aatt')
('chr8', 'tagg')
('chr11', 'aaaa')
('chr7', 'gtag')

数组listB

('chr8', 'tagt')
('chr1', 'tttt')
('chr7', 'gtag')
('chr11','aaaa')
('chr9', 'atat')

在这种情况下,重要的是必须将两列视为一列

谢谢你的时间!

例如......如果我有这样的文件:

A   16  chr11   36595888
A   0   chr1    155517200
B   16  chr1    43227072
C   0   chr20   55648508
D   0   chr2    52375454
D   16  chr2    73574214
D   0   chr3    93549403
E   16  chr3    3315671

我只需要打印具有唯一第一列的行:

B   16  chr1    43227072
C   0   chr20   55648508
E   16  chr3    3315671

它类似于awk '!_[$1]++',但我想删除所有具有非唯一拳头场的线.

最好使用Bash和python解决方案.

我有一组文件夹:

$ ls -d _clip* 
_clip10.trim  _clip12.trim  _clip14.trim  _clip16.trim  _clip2.trim  _clip4.trim  _clip6.trim  _clip8.trim
_clip11.trim  _clip13.trim  _clip15.trim  _clip1.trim   _clip3.trim  _clip5.trim  _clip7.trim  _clip9.trim

我需要从选择拖批文件夹,一个_clip1.trim到_clip6.trim:

$ ls -d _clip[1-6].trim 
_clip1.trim  _clip2.trim  _clip3.trim  _clip4.trim  _clip5.trim  _clip6.trim

而从其他的_clip7.trim到_clip16.trim,但是当我尝试ls -d _clip[7-16].trim只列出_clip6.trim上市.

我需要了解如何在常规表达式中使用数字interbals.谢谢你的时间!