我之前已经问过将R Markdown转换为HTML的命令.

将R Markdown文件转换为PDF文档的好方法是什么？

一个好的解决方案将尽可能多地保留内容(例如,图像,方程式,html表等).解决方案需要能够从命令行运行.一个好的解决方案也是跨平台的,理想情况下最小化依赖关系,以便更容易共享makefile等等.

具体来说,有很多选择:

• 是否将RMD转换为MD转换为HTML转换为PDF; 或RMD到MD到PDF; 或RMD到PDF
• 如果markdown在R中使用包,则指定哪些选项
• 是否使用pandoc,R内置的包或其他东西

这是一个示例rmd文件,可能会对任何提议的解决方案提供合理的测试.它被用作这篇博客文章的基础.

所以我想在R Markdown中插入一张桌子和一张图片.在常规word文档中,我可以轻松地插入一个表(5行乘2列),并为图片复制和粘贴.

1. 如何插入5行2列表(并在其中键入内容)(并根据第2列宽度比第1列调整表格)？

2. 如何插入图片？根据我的理解,我应该首先将图片保存为png,然后将其引用到我的文档中.此外,我想自动调整图片到报告,比如不占用一页以上,或者不超过一页.(有没有办法让我根据自己的喜好调整图片的大小)？

3. 如果有人知道任何关于R Markdown的酷/格式,你还可以让我知道吗？我知道这#是一个段落的大标题,并且** **大胆的东西.多数民众赞成我所知道的一切!

我正在使用2 x 2研究设计在ggplot中创建一个情节,并希望使用2种颜色和2种符号来分类我的4种不同的治疗组合.目前我有2个传说,一个用于颜色,一个用于两个形状.如何将它们组合成单个图例,以便我有一个蓝色圆圈,一个红色圆圈,一个蓝色三角形和一个读取三角形？

一些数据:

state1 <- c(rep(c(rep("N", 7), rep("Y", 7)), 2))
year <- rep(c(2003:2009), 4)
group1 <- c(rep("C", 14), rep("E", 14))
group2 <- paste(state1, group1, sep = "")
beta <- c(0.16,0.15,0.08,0.08,0.18,0.48,0.14,0.19,0.00,0.00,0.04,0.08,0.27,0.03,0.11,0.12,0.09,0.09,0.10,0.19,0.16,0.00,0.11,0.07,0.08,0.09,0.19,0.10)
    lcl <- c(0.13,0.12,0.05,0.05,0.12,0.35,0.06,0.13,0.00,0.00,0.01,0.04,0.20,0.00,0.09,0.09,0.06,0.06,0.07,0.15,0.11,0.00,0.07,0.03,0.05,0.06,0.15,0.06)
    ucl <- c(0.20,0.20,0.13,0.14,0.27,0.61,0.28,0.27,0.00,1.00,0.16,0.16,0.36,0.82,0.14,0.15,0.13,0.13,0.15,0.23,0.21,0.00,0.15,0.14,0.12,0.12,0.23,0.16)
data <- data.frame(state1,year,group1,group2,beta,lcl,ucl)

情节:

library(ggplot2)
pd <- position_dodge(.65)
ggplot(data = data, aes(x = year, y = beta, colour = state1, group = group2, shape = group1)) +
  geom_point(position = pd, size = 4) +
  geom_errorbar(aes(ymin = lcl, ymax = ucl),colour = "black", width …

我正在生成HTML输出,但我遇到R代码输出的输出宽度问题.

我能够毫无困难地调整图形宽度,但是当我尝试编写数据表或因子载荷时,R输出的固定宽度仅为我屏幕宽度的三分之一左右.这导致表的列被拆分而不是单个表中显示的所有列.

这是一个可重复的例子:

---
output: html_document
---

# Title

```{r echo = FALSE, fig.width=16, fig.height=6}
x = matrix(rnorm(100),ncol=10)
x
plot(x)
```

在我的R Markdown文档中,我有时想要生成一个报告而不显示实际代码(特别是当我发送给我的老板时).如何隐藏R代码并显示图表和结果？

例如:

---
output: html_document
---

```{r fig.width=16, fig.height=6}
plot(cars)
```

这显示了命令和绘图.如何从HTML报告中删除命令？

我正在使用RStudio来编写我的R Markdown文件.如何删除##代码输出之前显示的最终HTML输出文件中的哈希()？

举个例子:

---
output: html_document
---

```{r}
head(cars)
```

我正在写一篇关于R Markdown的文档,当我编写PDF文档时,我希望在每个页面都包含一个页脚.有没有人知道如何做到这一点？

我在R Markdown写作并且有一个非常广泛的列联表.我正在使用pandoc将R markdown文档转换为PDF.

是否可以旋转或收缩桌子？理想情况下,这可以在不必切换到LaTeX格式的情况下完成.

我的尝试:

我一直在滥用knitr中的数字选项来尝试这个,但无论我使用kable还是xtable,我都没有运气.我尝试过的一些排列包括:

```{r out.extra='angle=90', results='asis'}
library(knitr)
kable(iris[1:5,])
``` 

``{r size='footnotesize', results='asis'}
library(knitr)
kable(iris[1:5,])
```

```{r out.extra='angle=90', results='asis'}
library(xtable)
xtable(iris[1:5,])
```

```{r size='footnotesize', results='asis'}
library(xtable)
xtable(iris[1:5,])
```  

所有这些都很好地显示了表格,但不要旋转它.

我用来编织的代码是:

Rscript -e "library(knitr); knit('table.Rmd', 'table.md')"

并转换为pdf:

pandoc table.md -o table.pdf

对于HTML格式的R Markdown脚本,是否有人知道如何对字幕中的数字进行编号？

对于PDF文档,标题将说明如下:

图X:一些标题文本

但是,HTML版本的等效标题将简单地说:

一些标题文字

这使得数字的交叉引用数字完全无用.

这是一个最小的例子:

---
title: "My Title"
author: "Me"
output:
  pdf_document: default
  html_document: default
---

```{r cars, fig.cap = "An amazing plot"}
plot(cars)
```


```{r cars2, fig.cap = "Another amazing plot"}
plot(cars)
```

我尝试过设置toc,fig_caption并且number_sections在每种输出格式中,但这似乎不会改变结果.

使用bookdown(单个文档)时,数字会自动编号为:

图1图标题文字.

在化学中,惯例是将主要数字标记为:

图1.图标题文字.

并为支持信息文件:

图S1.图标题文字.

另外在我们需要的文字参考文献中:

......如图1所示,......

所以参考文本不应该是粗体.

题

如何使用bookdown(或rmarkdown)生成图形和表格标题,如下所示:" 图S1.一些文字." 和" 表S1.一些文字." ？

我需要这是MS Word格式.

示例/尝试的解决方案

到目前为止,我试图修改_bookdown.yml文件如下:

language:
  label:
    fig: "**Figure S**"
    tab: "**Table S**"

这给出了:图S 1一些文本......以及使用时的内联引用:

Figure S\@ref(fig:Xray)

是图S1,没关系.

这是一个最小的例子:

---
title: Supporting Information
subtitle: "Iron(I) etc"
author: "Some people here"
abstract: "Added the addresses here since there is no abstract in the SI"
output:
  bookdown::word_document2:
    fig_caption: yes
    toc: yes
    toc_depth: 1
---

## Reaction of etc.
Some …