小编You*_*ark的帖子

我正在编写一个 python 脚本，并且希望将查询序列信息作为字符串变量而不是 FASTA 格式文件传递到blastn（如果可能）。

我使用 Biopython 的 SeqIO 将多个转录本名称存储为键，并将其序列存储为关联值。

所以它看起来像这样

transcripts = dict()
for record in SeqIO.parse("transcript_sequences.fasta", "fasta"):
transcripts[record.name] = record.seq

print transcripts

所以字典看起来像这样

{'var_F': Seq('CTTCATTCTCGTTTAGCGGCTGCTCGTGGAAATTTCGAAAAAATCTGAAACTAG...TGC', SingleLetterAlphabet())}

现在我想将字典中的序列信息解析为爆炸查询和主题。

subprocess.call("blastn -query " + transcript['var_F'] + ".txt" + " -subject " + transcript['var_B'] + " -outfmt 6 > tmp_blast.txt", shell=True)  

我知道blast只接受文件名或字符串作为文件位置，但我只是想知道是否有解决方法。

预先感谢您阅读我的第一个问题：P