我有时会加载多个导出同名函数的包。比如Hmisc和dplyr都有一个summarize函数，我有时会同时加载两个包。然后我打电话summarize，认为我在打电话dplyr::summarize时我真的在打电话Hmisc::summarize。发生这种情况时，我会收到如下错误消息：
Error in summarize(., mean = mean(instRating)) :
argument "by" is missing, with no default
该消息最初难以理解，因为我的代码不包含任何错误。我花了一分钟才意识到我调用了错误包中的函数。如果第一行包含相关包的名称，错误消息会更容易理解：
Error in Hmisc::summarize(., mean = mean(instRating)) :
有没有办法强制 R 在这些错误消息中显示包名称？
我知道我可以通过输入dplyr::summarize或更改加载包的顺序来解决这个问题。但我的兴趣在于向 R 的错误消息添加细节。
我有一个 R Markdown 文档，其中包含一些引文。我使用默认的引用样式，通常对我来说效果很好。但我有一些句子放在括号内，在这些句子中，我想引用作品而不添加第二组括号。也就是说，我想隐藏通常在引文中出版年份左右出现的括号。这是我尝试创建的输出的示例：
Lorem ipsum dolor. (Fourscore and seven years ago: see Smith 2020.)
其中Smith 2020是用 R Markdown 引用生成的，例如@Smith_2020. 在 LaTeX 中，这种事情可以通过\citealp“natbib”包中的宏来完成。也可以使用该包\citeauthor和\citeyear宏来完成，它们分别列出作者姓名和出版年份。R Markdown 中有等效功能吗？
为了进一步说明问题，这里有一个最小的工作示例。假设“myBib.bib”是
@BOOK{Smith_2020,
AUTHOR = {John Smith},
TITLE = {Some Title},
YEAR = {2020},
PUBLISHER = {Knopf},
address = {New York, NY},
}
我有这个 Rmd 文件：
---
output: html_document
bibliography: 'myBib.bib'
---
(See @Smith_2020 for details.)
输出是(See Smith (2020) for details.)我想消除 周围的括号2020。一种方法是将整个句子放在括号内：例如， …
我经常想在全局环境下的环境中创建许多变量.这可以通过envir参数轻松完成sys.source- 如果由文件创建的所有变量都应该进入单个环境.
但我通常使用一个创建变量集的文件.一组应该进入一个环境,另一组进入另一个环境,依此类推.我不想将此文件拆分为多个文件,然后进行多次调用sys.source.
相反,我想要一个命令,让我更改默认环境以分配新变量.例如:
e <- new.env()
setDefaultEnvironment(e)
tmp <- 2
e$tmp # 2
.GlobalEnv$tmp # Error: object 'tmp' not found
但这setDefaultEnvironment不是一个真正的命令.
在R中有没有安全的方法来做这种事情？
我有很多形式(类formula或类Formula)y ~ a*b,其中a和b是因素.
我需要编写一个函数,该函数采用这样的公式并返回一个公式,其中交互中的所有项都是"拼写出来的".这是一个例子:
fac1 <- factor(c('a', 'a', 'b', 'b'))
fac2 <- factor(c('c', 'd', 'c', 'd'))
BigFormula(formula(x ~ fac1*fac2))
哪里有BigFormula回报formula(x ~ a + b + c + d + a:c + a:d + b:c + b:d).
有一个简单的方法吗？
(上下文:我正在运行窗体中的许多命令anova(mod1, mod2),其中mod2嵌套mod1,两个模型的右侧都包含类似的术语fac1*fac2.这些命令的要点是计算F统计量.问题是anova对待fac1*fac2三个变量,即使它通常代表三个以上的变量.(例如,在上面的代码中,fac1*fac2代表八个变量.)因此,anova低估了嵌套模型中的限制数量,并且高估了我的自由度.)
我的文档通常包含这种形式的“完全受限”框架：
\begin{frame}<0>
Lorem ipsum dolor.
\end{frame}
由于第一行末尾的 <0>，这样的框架不会出现在我用 pdflatex 或 xelatex 生成的文档中。但它们仍然会导致帧数计数器增加，从而导致奇怪的结果。这是一个例子：
\documentclass[xelatex]{beamer}
\begin{document}
\setbeamertemplate{footline}{\hfill\insertframenumber}
\begin{frame}<0>{Frame A}
\end{frame}
\begin{frame}{Frame B}
\end{frame}
\end{document}
当我使用 xelatex 处理该文档时，我得到一个包含一帧的 PDF 文档。帧脚线中的帧编号是 2。我希望它是 1。我可以在每个受限帧之后手动重置帧计数器，但在具有许多此类帧的大型文档中，这是一个麻烦。有什么方法可以阻止受限帧增加计数器吗？
当我估计一个模型，它在两个变量之间存在交互作用，而这些变量不作为独立变量进入模型，并且当这些变量之一是虚拟（“逻辑”类）变量时，R 会“翻转虚拟变量的符号” . 也就是说，当虚拟变量为 FALSE 时，它报告交互项系数的估计，而不是当它为 TRUE 时。下面是一个例子：
data(trees)
trees$dHeight <- trees$Height > 76
trees$cGirth <- trees$Girth - mean(trees$Girth)
lm(Volume ~ Girth + Girth:dHeight, data = trees) # estimate is for Girth:dHeightTRUE
lm(Volume ~ Girth + cGirth:dHeight, data = trees) # estimate is for cGirth:dHeightFALSE
为什么最后一行中的回归对交互作用的估计dHeight是 FALSE 而不是 TRUE？（当 dHeight 为 TRUE 时，我希望 R 报告估计值。）
这不是一个大问题，但我想更好地理解为什么 R 正在做它正在做的事情。我知道relevel()和contrasts()，但我看不出它们在这里会有所作为。
有时需要创建一个非独立的 R 笔记本。例如，人们可能想要从自己选择的本地文件加载 Mathjax，为此，self_contained必须是FALSE. 但我发现，默认情况下，当 YAML 标头包含self_contained: FALSE. 这是一个最小的例子：
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title: "Notebook, not self-contained"
output:
html_notebook:
self_contained: false
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Hello.
当使用默认选项渲染此文件时rmarkdown::render()- 或者当我通过将其保存在 RStudio 中“预览”笔记本时 - 生成的 HTML 文件不使用默认的 R Notebook CSS，并且顶部有很多麻烦文件，如相关帖子所示。问题似乎是，默认情况下，rmarkdown::render()使用clean = TRUE-- 对于 R 笔记本，这意味着包含所有依赖项（jquery、bootstrap 等）的外部目录一旦创建就会被销毁。例如，如果上面的文件标题为“myNotebook.Rmd”，则使用rmarkdown::render()默认选项调用将创建一个myNotebook_files包含依赖项的目录，并且几乎会立即删除该目录。
rmarkdown::render()如果您使用调用，问题就会消失clean = TRUE。但这个解决方案并不是最佳的。它将 .md 文件留在我想删除的输出目录中。而且它不能与用于编织或预览笔记本的 RStudio 快捷方式一起使用。
有什么方法可以更改 的默认clean = TRUE行为，以便在设置rmarkdown::render()为 时不会删除“_files”目录？self_containedFALSE
奇怪的是，只有当输出格式设置为html_notebook- 而不是设置为 …
我想使用 R Markdown 生成一个利用某些 LaTeX 包的文档。有时，我想将 Rmd 文档渲染为 PDF。有时，我想将其呈现为 HTML。
我想通过extra_dependencies选项加载包，而不是通过includes或header-includes选项。一些 LaTeX 包应该加载选项。其他人不应该这样。
当我将 Rmd 文档渲染为 PDF 时，没有问题。但是，当我尝试将同一文档呈现为 HTML 时，参数rmarkdown::render的处理会出现问题extra_dependencies。（我使用的是 rmarkdown 2.1。）这是一个最小的示例，遵循R Markdown Cookbook的风格：
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title: "Test Processing of YAML Header in R Markdown Document"
output:
html_document:
extra_dependencies:
array: null
numprint: ["autolanguage"]
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Hello.
渲染该文档会rmarkdown::render生成dependency_resolver -> <Anonymous> -> sapply -> lapply错误。array如果我在和之前添加破折号numprint，则会出现错误Error: invalid version specification 'NULL'。但如果我直接改成html_document，pdf_document …
我经常在 RStudio 中编写 R Markdown 文档。也就是说，我单击“Knit”图标或使用键盘快捷键来让我的文档由rmarkdown::render(). 有时，当我这样做时，R Markdown 窗格中的输出会以类似以下的消息结束：
Output created: myDoc.html
There were 15 warnings (use warnings() to see them)
我如何查看这些警告？我希望在 R Markdown 窗格的输出中看到它们，或者通过warnings()在控制台中键入——或者理想情况下，两种方式都可以。
当然，如果我rmarkdown::render('myDoc.Rmd')在控制台中运行而不是使用 RStudio 快捷方式，我就可以看到它们。但这种方法很不方便。我也不想修改单个代码块的选项。
大约四年前出现了一个非常类似的问题，但没有发布解决方案。
Jim Hester 的“lintr”包包含许多不同的 R linter。该包的README以这种方式描述了其中一个linter ：
undesirable_function_linter:报告不受欢迎的功能的使用，例如选项或 sapply 并提出替代方案。
我很惊讶。我一直在使用的R用很多年了，我一直在使用options()，并sapply()多年。是什么让他们不受欢迎？还有更好的选择吗？
我知道getOption()，但它不能代替options()。我还了解*apply()变体Map()、 和 Tidyversemap函数。总体而言，Tidyverse 函数对我来说似乎比sapply()or Map()- 我更喜欢 Tidyverse 函数中的默认值和参数顺序 - 但我不会想到称之为sapply()“不受欢迎”。