小编Cat*_*ine的帖子

我的输入文件:

 x <- read.table(textConnection('
      t0  t1  t2  t3  t4
  aa  0   1   0   1   0
  bb  1   0   1   0   1
  cc  0   0   0   0   0
  dd  1   1   1   0   1
  ee  1   1   1   0   0
  ff  0   0   1   0   1
  gg  -1  -1  -1  -1  0
  hh  -1  1   -1  1   -1
 '), header=TRUE)

我想首先计算每列的频率,即

          t0   t1   t2   t3   t4
freqency  5/8  5/8  6/8  3/8  4/8

然后将频率乘以矩阵x,得到如下的新矩阵:

       t0    t1     t2     t3     t4
  aa   0     5/8 …

输入文件:

y <- read.table(textConnection('
   c1   c2   c3
1  a    b    -1
2  a    b    -1
3  a    c    1
4  a    b    1
5  a    b    -1
'), header=TRUE)

因此,y是

  c1 c2 c3
1  a  b -1
2  a  b -1
3  a  c  1
4  a  b  1
5  a  b  -1

输出文件将是:

  c1 c2 c3
1  a  b -1
3  a  c  1
4  a  b  1

如何删除所有列中具有相同条目的多个或重复行？

输入文件是

Mydata <- read.table(con <- textConnection('
gene treatment1 treatment2 treatment3
aaa 1 0 1
bbb 1 1 1
ccc 0 0 0
eee 0 1 0
'), header=TRUE)
close(con)

Mydata是

  gene treatment1 treatment2 treatment3
1  aaa          1          0          1
2  bbb          1          1          1
3  ccc          0          0          0
4  eee          0          1          0

为了构建集群,我已经完成了

d <- dist(mydata, method = "euclidean")
fit <- hclust(d, method="ward") 
plot(fit)

我得到了基于"欧几里德"距离的集群.

在我之前的stackoverflow消息中 如何使用R来计算Tanimoto/Jacquard Score作为距离矩阵

我发现我也可以用R来计算tanimoto-jacquard距离矩阵.你能不能教我如何将tanimoto-jacquard与前面的步骤结合起来得到一个基于tanimoto-jacquard距离而不是euclidean计算的距离矩阵的聚类？非常感谢.

我有下表:

column1  column2
1        aaa^bbb
2        aaa^bbb|ccc^ddd

我想有一个输出文件如下:

column1   column2     column3
1         aaa         bbb
2         aaa         bbb
3         ccc         ddd

如果有聪明的方法,你能不能让我知道吗？

更新:

我试图做两件事;

对于^,我想将上下文分为第2列和第3列.

对于|,我想将它分隔到下一行,但在column1中保持相同的数字(第1行和第3行的列1相同.抱歉,我在这里犯了一个错误.

要重写,输入如下:

column1  column2 
x        aaa^bbb 
y        aaa^bbb|ccc^ddd 

输出如下:

column1   column2     column3 
x         aaa         bbb 
y         aaa         bbb 
y         ccc         ddd 

1. 我已经将一个csv文件加载到R.

2. 文件中有10列.

3. 我想将第1和第3列保存到新文件中.删除其他列的命令行是什么？

4. 我想保存新表,应该使用什么命令行？

非常感谢你的帮助.

是.我应该提供一个更好的例子.

这是我的输入文件(3columns.csv)

    Patients    Markers Studies
1   AA         EXX         1111
2   BB         ABCB1           2222|3333|5555|6666
3   CC         CCAN        4444|5555
4   DD         ABCB1           6666

这是我的输出文件

    Patients    Markers Studies
1   AA         EXX         1111
2   BB         ABCB1           2222
2   BB         ABCB1           3333
2   BB         ABCB1           5555
2   BB         ABCB1           6666
3   CC         CCAN        4444
3   CC         CCAN        5555
4   DD         ABCB1           6666

(1)根据以下命令,我对第6行进行了如下更改

sapply(unlist(strsplit(as.character(df[x,3]),"\\|")),c,df[x,1:2],USE.NAMES=FALSE) 

(2)我试着将df文件调用为

df <- read.csv(file="3columns.csv",header=TRUE,stringsAsFactors=FALSE)

(3)我\\之前也尝试过添加|

所有这些方法都不起作用,所以我怀疑我可能误解了下面的答复.你介意给我一些指导吗？

最诚挚的问候,凯瑟琳

------原始问题--------------------------

我想使用R的strsplit命令根据符号分隔单元格"|".

但是,会显示一条错误消息:

Error in strsplit(df[x, …