小编yah*_*han的帖子

我从snakemake开始。我设法定义了一些可以独立运行的规则，但不能在工作流程中运行。也许问题在于它们有不相关的输入和输出。

我目前的工作流程是这样的：

configfile: './config.yaml'

rule all:
    input: dynamic("task/{job}/taskOutput.tab")
rule split_input:
     input: "input_fasta/snp.fa"
     output: dynamic("task/{job}/taskInput.fa")
     shell:
     "rm -Rf tasktmp task; \
     mkdir tasktmp task; \
     split -l 200 -d {input} ./tasktmp/; \
     ls tasktmp | awk '{{print \"mkdir task/\"$0}}' | sh; \
     ls tasktmp | awk '{{print \"mv ./tasktmp/\"$0\" ./task/\"$0\"/taskInput.fa\"}}' | sh"
rule task:
     input: "task/{job}/taskInput.fa"
     output: "task/{job}/taskOutput.tab"
     shell: "cp {input} {output}"
rule make_parameter_file:
     output:
    "par/parameters.txt
     shell:
    "rm -Rf par;mkdir par; \
    echo \"\
minimumFlankLength=5\n\
maximumFlankLength=200\n\
alignmentLengthDifference=2\
allowedMismatch=4\n\
allowedProxyMismatch=2\n\
allowedIndel=3\n\
ambiguitiesAsMatch=1\n\" …