小编Pau*_*aul的帖子

我正在使用一个名为“ Seurat”的R软件包进行单细胞RNA-Seq分析。我试图将有关单个细胞样本的元数据信息添加到Seurat对象中。但是下游的绘图命令不起作用。我想知道是否有人知道如何检查修改后的Seurat对象以确认元数据已添加到正确的插槽和列中。

要添加元数据，我使用了以下命令。

首先，我从侦探对象中提取了单元名称

> Cells <- WhichCells(sleuth_object)

然后，我使用数字1-3创建了一个由形态确定的细胞类型的列表。

> MorphCellTypes = c(1,2,3)

然后我将单元格和MorphCellTypes合并为data.frame

> MorphCellTypesDF = data.frame(Cells, MorphCellTypes)

然后，我尝试使用成功运行的以下命令将此MorphCellTypesDF元数据添加到sleuth对象

> AddMetaData(Sleuth_object, MorphCellTypesDF, col.name = MorphCellTypes

然后我尝试使用以下命令使用TSNEPlot对其进行可视化

> TSNEPlot(pbmc, do.label = TRUE, pt.size = 3, group.by = MorphCellTypes

这返回以下错误：

“Error in DimPlot(object, reduction.use = "tsne", cells.use = cells.use,  :
  object 'MorphCellTypes' not found”

因此，我认为我是将元数据添加到侦探对象中的错误位置，还是以某种方式弄乱了col.name。无论哪种方式，看来我使用的AddMetaData或TSNEPlot（）函数均不正确。如果有机会发现错误，或者可以为我提供有关如何使用AddMetaData的示例，将不胜感激。

我有一个运行良好的R闪亮（shinydashboard）应用程序，可以在服务器上运行。我希望能够跟踪其使用情况，并知道Google Analytics（分析）是一个很好的解决方案。但是我遇到了设置它的问题。

我已经尝试按照此处描述的指示进行操作https://shiny.rstudio.com/articles/google-analytics.html

他们建议创建一个google-analytics.js脚本，其中包含google的全局站点标签：

<!-- Global Site Tag (gtag.js) - Google Analytics -->
<script async src="https://www.googletagmanager.com/gtag/js?id=UA-4XXXXX5-2">
</script>
<script>
window.dataLayer = window.dataLayer || [];
function gtag(){dataLayer.push(arguments);}
gtag('js', new Date());

gtag('config', 'UA-4XXXXX5-2');
</script>

然后，他们建议在闪亮的应用程序标题中调用此“ google-analytics.js”脚本文件，如下所示：

#ui.r
library(shiny)
shinyUI(fluidPage(

  tags$head(includeScript("google-analytics.js")),
  includeCSS("cerulean.css"),

  titlePanel("Sunlight in the US"),

但是，因为我使用的是闪亮的仪表板，所以我的闪亮布局有所不同...

#ui.r
library(shiny)
library(shinydashboard)

dashboardPage(

  dashboardHeader(title = "Single Cell Database"),

  dashboardSidebar(
    sidebarMenu(
      menuItem("P15 Clustering", tabName = "P15_Cluster", icon = icon("th")),
      menuItem("P15 Violin Plots", tabName = "P15_Violin", icon = icon("th"))
    )),

  dashboardBody(
    tabItems(
      tabItem(tabName = "P15_Cluster",

我似乎无法弄清楚放置...的位置

tags$head(includeScript("google-analytics.js")), …

我按照此处的快速入门指南从命令行界面启动 AWS VPC 时遇到以下错误。

使用的命令：

git clone https://github.com/aws-quickstart/quickstart-aws-biotech-blueprint-cdk.git
cd quickstart-aws-biotech-blueprint-cdk
npm install
npm run build
cdk bootstrap
npm run build && cdk deploy

错误信息：

AwsBiotechBlueprint: creating CloudFormation changeset...
11:38:13 AM | CREATE_FAILED        | AWS::IAM::Role                                   
| ConfigEnabledPr
omi...corderRoleFC6F886B
Policy arn:aws:iam::aws:policy/service-role/AWSConfigRole does not exist or is not 
attachable. (Service
: AmazonIdentityManagement; Status Code: 404; Error Code: NoSuchEntity; Request ID: 
f03b794e-7aa5-4f24-
899e-2aefaa6e8fb3; Proxy: null)

我使用的是 IAM 用户（不是 Root），并且错误似乎表明“AWSConfigRole”策略与我的用户没有关联。为了更正此错误，我通过 Web 浏览器通过 IAM 管理控制台添加了“AWSConfigRole”权限。

不幸的是，当我重新运行快速入门中的步骤时，我仍然遇到完全相同的错误。

如何确保 IAM 管理控制台的更新权限正确传达到命令行界面？

我正在通过终端使用Bash命令在Mac计算机上工作.

我有~200个编号为0-200的目录.每个目录包含> 5,000个以.fast5结尾的单个文件.我试图找出将200个目录组中的所有文件合并到一个名为Consolidatedfiles的目录中的最简单方法.

我一直在尝试不同的方法,但没有一个有效.以下命令是我认为最接近的命令.

find ./* -iname "*fast.5" | xargs -I {} ln ./Consolidatedfiles {}

但是我搞乱了ln命令？我有0经验find与其他命令配对使用xargs.

谢谢你的帮助!

我正在 R 中开发一个 Shiny 应用程序。该应用程序由在 Linux 上运行的闪亮服务器运行。

我需要创建一个并排的 selectInput 字段和 SubmitButton。我做了以下尝试。

来自我的 ui.r

div(style="display:inline-block",
    selectInput("input$GeneVariable4", 
                label = h4(""), 
                choices = (Choices_cd), 
                multiple = TRUE,
                selected = c("Slc26a5","Sri"),
                selectize = TRUE,
                width = '400px'
                )
),
div(style="display:inline-block",
    submitButton("Submit")
),

此代码生成以下结果

这样做的问题是 selectInput 字段和 SubmitButton 之间有轻微的偏移。它很丑，我讨厌它。

有谁知道我如何解决这个问题。我尝试过添加br(),空格，但它只是向上或向下移动偏移量，并没有消除它。

任何关于如何将这些并排放置的建议将不胜感激。此外，提交按钮不能放置在下面，因为 selectInput 在选择时会下拉并带有选项，从而遮挡了放置在栏下方的任何提交按钮。