小编nev*_*int的帖子

如何将Scikit-Learn-Keras模型保存到持久性文件中(pickle/hd5/json/yaml)

我有以下代码,使用Keras Scikit-Learn Wrapper:

from keras.models import Sequential
from sklearn import datasets
from keras.layers import Dense
from sklearn.model_selection import train_test_split
from keras.wrappers.scikit_learn import KerasClassifier
from sklearn.model_selection import StratifiedKFold
from sklearn.model_selection import cross_val_score
from sklearn import preprocessing
import pickle
import numpy as np
import json

def classifier(X, y):
    """
    Description of classifier
    """
    NOF_ROW, NOF_COL =  X.shape

    def create_model():
        # create model
        model = Sequential()
        model.add(Dense(12, input_dim=NOF_COL, init='uniform', activation='relu'))
        model.add(Dense(6, init='uniform', activation='relu'))
        model.add(Dense(1, init='uniform', activation='sigmoid'))
        # Compile model
        model.compile(loss='binary_crossentropy', optimizer='adam', …
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python persistence pickle scikit-learn keras

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如何根据R编程中的条件将列添加到数据帧中

例如,我有以下数据框.我想要做的是在该数据框中添加另一列(第7列).条件是if Sepal.Length >=5 assign "UP" else assign "DOWN".我们称之为"监管"栏目.

 > iris 
     Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width    Species
    1            5.1         3.5          1.4         0.2     setosa
    2            4.9         3.0          1.4         0.2     setosa
    3            4.7         3.2          1.3         0.2     setosa
    4            4.6         3.1          1.5         0.2     setosa
    5            5.0         3.6          1.4         0.2     setosa
    6            5.4         3.9          1.7         0.4     setosa
    7            4.6         3.4          1.4         0.3     setosa
    8            5.0         3.4          1.5         0.2     setosa
    9            4.4         2.9          1.4         0.2     setosa
    10           4.9         3.1          1.5         0.1     setosa
    ...
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在R中这样做的方法是什么?

r dataframe

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避免初始内存堆大小错误

我使用以下命令运行Java代码:

$ java -Xms4G -Xmx4G myjavacode
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我的CPU的RAM容量是6GB.

但它总是无法执行给我这个错误消息:

Invalid initial heap size: -Xms5G
The specified size exceeds the maximum representable size.
Could not create the Java virtual machine
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有没有办法设置Java选项,以便我们可以执行代码?

java memory-management

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"变量$ foo将不会保持共享"Perl在调用子例程时出现警告/错误

Update3: 如果你喜欢这个帖子,请不要赞成我,但请通过下面的DVK赞助天才答案.

我有以下子程序:

 use warnings;
#Input
 my @pairs = (
    "fred bill",
    "hello bye",
    "hello fred",
    "foo bar",
    "fred foo");

#calling the subroutine
my @ccomp = connected_component(@pairs);

use Data::Dumper;
print Dumper \@ccomp;

sub connected_component {

    my  @arr    = @_;
    my %links;

    foreach my $arrm (  @arr ) {
        my ($x,$y) = split(/\s+/,$arrm);;
        $links{$x}{$y} = $links{$y}{$x} = 1;

    }

    my %marked;  # nodes we have already visited
    my @stack;

    my @all_ccomp;

    for my $node (sort keys %links) {
        next if exists …
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unix perl scope local-functions

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如何将pandas单列数据帧转换为系列或numpy向量

我有以下数据框只是单列.

import pandas as pd
tdf =  pd.DataFrame({'s1' : [0,1,23.4,10,23]})
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目前它具有以下形状.

In [54]: tdf.shape
Out[54]: (5, 1)
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如何将其转换为系列或numpy向量,以便形状简单 (5,)

python pandas

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用Unix排序科学数字排序

我尝试用Unix排序对这些数字进行排序,但它似乎不起作用:

    2e-13
    1e-91
    2e-13
    1e-104
    3e-19
    9e-99
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这是我的命令:

sort -nr file.txt
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什么是正确的方法呢?

unix linux sorting numbers

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基于具有AWK的列数过滤行

我有包含单列和两列的数据行.我想要做的是提取只包含2列的行.

0333 foo
 bar
23243 qux
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只屈服:

0333 foo
23243 qux
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请注意,它们是制表符分隔的,即使对于只有一列的行,您在开头有选项卡.

这样做的方法是什么?

我试过这个却失败了:

awk '$1!="";{print $1 "\t" $2}' myfile.txt

enter code here
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unix linux bash awk

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使用SED/AWK将FASTQ转换为FASTA

我有一个数据,总是以下列格式(称为FASTQ)以四块为单位:

@SRR018006.2016 GA2:6:1:20:650 length=36
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGN
+SRR018006.2016 GA2:6:1:20:650 length=36
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!+!
@SRR018006.19405469 GA2:6:100:1793:611 length=36
ACCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
+SRR018006.19405469 GA2:6:100:1793:611 length=36
7);;).;);;/;*.2>/@@7;@77<..;)58)5/>/
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是否有一种简单的sed/awk/bash方式将它们转换为这种格式(称为FASTA):

>SRR018006.2016 GA2:6:1:20:650 length=36
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGN
>SRR018006.19405469 GA2:6:100:1793:611 length=36
ACCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
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原则上,我们想要在每个块中提取前两行并替换@为>.

shell awk sed fasta fastq

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如何将Pandas饼图保存到文件?

我有以下代码:

import pandas as pd
import matplotlib
matplotlib.style.use('ggplot')
df = pd.DataFrame({ 'sample1':['foo','bar','bar','qux'], 'score':[5,9,1,7]})
sum_df = df.groupby("sample1").sum()
pie = sum_df.plot(kind="pie", figsize=(6,6), legend = False, use_index=False, subplots=True, colormap="Pastel1")
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这就是饼图.我想要做的是将它保存到文件中.但为什么这会失败?

fig = pie.get_figure()
fig.savefig("~/Desktop/myplot.pdf")
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我收到此错误:

'numpy.ndarray' object has no attribute 'get_figure'
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python plot pandas

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如何将参数传递给Scikit-Learn Keras模型函数

我有以下代码,使用Keras Scikit-Learn Wrapper,它工作正常:

from keras.models import Sequential
from keras.layers import Dense
from sklearn import datasets
from keras.wrappers.scikit_learn import KerasClassifier
from sklearn.model_selection import StratifiedKFold
from sklearn.model_selection import cross_val_score
import numpy as np


def create_model():
    # create model
    model = Sequential()
    model.add(Dense(12, input_dim=4, init='uniform', activation='relu'))
    model.add(Dense(6, init='uniform', activation='relu'))
    model.add(Dense(1, init='uniform', activation='sigmoid'))
    # Compile model
    model.compile(loss='binary_crossentropy', optimizer='adam', metrics=['accuracy'])
    return model


def main():
    """
    Description of main
    """


    iris = datasets.load_iris()
    X, y = iris.data, iris.target

    NOF_ROW, NOF_COL =  X.shape

    # evaluate …
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python function callable scikit-learn keras

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