小编Slo*_*ris的帖子

我开发了用于系统发育树比较的新算法（系统发育树是简单的有根二叉树）。作为输入，我们有两棵树，我们想计算它们的相似度百分比。这些类型的算法的一个例子是here。

但是这些算法中的大多数（据我所知）都没有提供检查其算法准确性的好方法。例如，如果您查看下图，您会发现 T1 和 T3 之间的相似度高于 T1 和 T2。

我需要一种方法来检查其相似性度量的准确性，以确保我的算法比以前的算法更好！！！（在大多数情况下，人眼并不难，但我不知道如何将其扩展到我的应用程序中）

您的有效性度量应该独立于算法。

我正在使用Biopython的Phylo软件包来创建系统发育树.

对于大树,我需要减少叶节点的字体大小.有人建议更改matplotlib.pyplot.rcParams ['font.size'],但这只允许我更改轴名称和标题,因为Phylo定义了自己的字体大小.我无法更改Phylo源代码,因为我在大学使用它.由于Phylo.draw()创建了自己的图形或轴,因此无法定义图形或轴.

有没有人对如何解决问题有任何建议,可能会拉伸y轴？

到目前为止,我使用以下代码生成树:

import matplotlib
import matplotlib.pyplot as plt
from Bio import Phylo
from cStringIO import StringIO

def plot_tree(treedata, output_file):

    handle = StringIO(treedata) # parse the newick string
    tree = Phylo.read(handle, "newick")
    matplotlib.rc('font', size=6)
    Phylo.draw(tree)
    plt.savefig(output_file)

    return

我想使用该ape包在 R 中绘制两个相对的系统发育图。一棵树有 40 个节点，一棵树有 26 个节点：

library(ape)
tree1 <- rtree(40)
tree2 <- rtree(26)

该cophyloplot函数使用指定的链接面对面地绘制这些图。

我在指定链接时遇到问题。

请注意，在我的实际nexus树文件中，提示标签是文本（如果需要，我不确定如何将它们更改为数字......）。

链接应如下所示：

如果，在tree1Nexus文件中，序列的尖端标签是1-40。在tree2Nexus 文件中，提示标签为 1-26。那么链接应该是：

a <- c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,37,38,39,40)
b <- c(14,1,4,1,9,12,2,10,6,3,13,5,14,15,18,19,19,7,14,9,10,11,25,22,21,16,23,24,26,17,1,12,12,21,15,16,21,8,20,21) 
association <- cbind(a, b)

（即 中的序列 1 与 中tree1的序列 14 连接tree2）

所以，我用这样的东西来绘制树木：

cophyloplot(tree1, tree2, assoc=association,length.line=4, space=28, gap=10, rotate=TRUE)

并计算距离矩阵：

dist.topo(tree1, tree2, method = "PH85")

我不太确定我哪里出错了。任何帮助，将不胜感激！

我是 R 中 MCMCglmm 包的新手，一般来说，我对 glm 模型还是很陌生。我有一个物种特征数据集，以及它们是否被引入到它们的原生范围之外。

我想测试是否可以通过任何物种特征来解释被引入（作为二进制 0/1 响应变量）。我还想纠正物种之间的系统发育。

有人告诉我，对于二元响应，我可以使用 family =“threshold”，我应该将残差方差固定为 1。但是我在处理之前所需的其他参数时遇到了一些问题。

我已经为随机效应指定了 R 值，但是如果我指定 RI 还必须指定 G 并且我不清楚如何决定这个参数的值。我试过设置默认值，但收到错误消息：

Error in MCMCglmm(fixed, random = ~species, data = data2, family = "threshold",  : 
prior$G has the wrong number of structures

我已经阅读了帮助小插曲和课程，但还没有找到一个二进制响应的例子，我不清楚如何决定先验值。这是我到目前为止：

fixed=Intro_binary ~ Trait1+ Trait2 + Trait3 
Ainv=inverseA(redTree1)$Ainv

binary_model = MCMCglmm(fixed, random=~species, data = data, family = "threshold", ginverse=list(species=Ainv),
 prior = list( 
    G = list(),    #not sure about the parameters for random effects.
    R = list(V = 1, fix …

以下是同一树的三个等价表示(系统发育).我试图找出一种算法来检查两个树表示是否相等.如果节点之间的父子关系相似,则树被定义为等效.

(Whale,(Seal,((Mouse,Rat),((((Carp,Loach),Frog),Chicken),Human))),Cow);
(Whale,(Seal,((Rat,Mouse),(Human,((Frog,(Loach,Carp)),Chicken)))),Cow);
((Seal,((Rat,Mouse),(Human,((Frog,(Loach,Carp)),Chicken)))), Cow, Whale);

谁能建议一种方法？

我有一个基于 Jekyll 的 GitHub Pages 博客，使用稍微修改过的 Hyde 主题。它有四个使用“页面”布局的页面，可以使用永久侧边栏访问：博客、关于、项目和出版物。这些页面如下所示：

博客和项目页面具有分别使用“post”和“project”布局的子页面。他们工作了几个月没有问题，但昨天在发布新帖子后，我发现该主题不再适用于我的帖子或项目，即使它继续适用于我的页面。这是我的帖子的样子：

侧边栏和帖子的所有内容都在那里，并且呈现了 Markdown，但 Jekyll 主题似乎不起作用。我的项目页面看起来很相似。

我很困惑，因为我在大约两个月内没有更改任何与主题或布局相关的内容，而且我知道我的网站即使在几天前也能正常运行。这个问题似乎无处不在，我没有找到解决方案的运气。

这是该站点的存储库：https : //github.com/rgriff23/rgriff23.github.io

当使用 haploNet 包在单倍型网络上绘制一些图时，我使用了 Internet 上可用的脚本来执行此操作。不过我觉得有什么地方不对。该脚本以 woodmouse 示例的形式提供。我使用的代码是：

x <- read.dna(file="Masto.fasta",format="fasta")
h <- haplotype(x)
net <- haploNet(h)
plot(net)

plot(net, size = attr(net, "freq"), fast = TRUE)
plot(net, size = attr(net, "freq"))
plot(net, size=attr(net, "freq"), scale.ratio = 2, cex = 0.8

table(rownames(x))

ind.hap<-with(
    stack(setNames(attr(h, "index"), rownames(h))), 
    table(hap=ind, pop=rownames(x)[values])
)
ind.hap 

plot(net, size=attr(net, "freq"), scale.ratio = 2, cex = 0.8, pie=ind.hap)
legend(50,50, colnames(ind.hap), col=rainbow(ncol(ind.hap)), pch=20)

legend(x=7,y=10,c("Baeti ero","Felege weyni","Golgole naele","Hagare selam","Ruba feleg","Ziway"),c("red","yellow","green","turquoise","blue","magenta"))

但是，在绘制 ind.hap 时，您会注意到某些行不在正确的位置。你可以在这里看到这个：

      pop
hap    Baetiero ETH022 ETH742 Felegeweyni Golgolenaele Rubafeleg
  I …

我有一个类方法，其参数以下划线结尾，from_我用它autoclass来生成该类的文档。我希望参数from_在 Sphinx 文档中显示为普通文本，但目前它显示为超链接。

这是带有文档字符串的类方法的简化版本：

class Twilio:

    def get_messages(to=None, from_=None):
        """
        Get messages.

        `Args:`
            to: str
                Receiver.
            from_: str
                Sender.
        `Returns:`
            Messages: dict
        """
        return fetch_messages(to=to, from_=from_)

我正在使用以下方法生成此类的文档：

.. autoclass :: Twilio
   :inherited-members:

问题可以在本页最底部的函数中看到，get_messages您可以看到它被格式化为超链接。