小编Qwf*_*qwf的帖子

我想知道是否有人知道允许对热图进行部分行标记的包。我目前正在使用 pheatmap() 来构建我的热图，但我可以使用任何具有此功能的包。

我有很多行差异表达基因的图，我想标记其中的一个子集。有两个主要的事情需要考虑（我能想到的）：

• 文本注释的位置取决于行的高度。如果行太窄，则文本标签将在没有某种指针的情况下不明确。
• 如果多个相邻行是重要的（即将被标记），那么这些将需要偏移，并且再次需要一个指针。

下面是一个部分解决方案的例子，它实际上只能达到一半，但我希望能说明我想要做的事情。

set.seed(1)
require(pheatmap)
require(RColorBrewer)
require(grid)

### Data to plot
data_mat <- matrix(sample(1:10000, 300), nrow = 50, ncol = 6)
rownames(data_mat) <- paste0("Gene", 1:50)
colnames(data_mat) <- c(paste0("A", 1:3), paste0("B", 1:3))

### Set how many genes to annotate
  ### TRUE - make enough labels that some overlap
  ### FALSE - no overlap
tooMany <- T

### Select a few genes to annotate
if (tooMany) {
  sigGenes_v <- paste0("Gene", c(5,20,26,42,47,16,28))
  newMain_v <- "Too Many Labels"
} else …