小编H.F*_* C.的帖子

您好我是python的新手.我有以下问题:我想写一个脚本,给定带有歧义的(dna)序列,写入所有可能的序列,(如果少于100,如果有超过100个可能的序列,则适当的错误消息是印刷品)对于DNA核苷酸含糊不清:http://www.bioinformatics.org/sms/iupac.html

示例:对于“AYGH”脚本输出的序列“ACGA”, “ACGC”, “ACGT”, “ATGA”, “ATGC”,和“ATGT”.A,C,G和T是默认核苷酸.所有其他人可以有不同的值(见链接).

所以我写了这个:

def possible_sequences (seq):
    poss_seq = ''
    for i in seq:
        if i=='A'or i=='C'or i=='G'or i=='T': 
            poss_seq += i 
        else: 
            if i== 'R':  
                poss_seq += 'A' # OR 'G', how should i implement this? 
            elif i == 'Y': 
                poss_seq += 'C' # OR T 
            elif i == 'S': 
                poss_seq += 'G' # OR C
            elif i == 'W': 
                poss_seq += 'A' # OR T 
            elif …

我有一个字符串列表:

['TTGGGAGAA', 'TTGGGAGCA', 'TTGGGAGTA']

我想测试此列表中是否存在字符串:例如,测试我的列表中是否存在'GTA'(=子序列)

我试过了:

OK = subsequence in list 
if OK == True: 
    print (true)
else: pass

但它不起作用.有人能帮助我吗？