我正在尝试使用k1om-mpss-linux-gcc编译器为Xeon Phi平台编写一些带有KNC指令的内联汇编代码.我想在我的代码中使用掩码寄存器来向量化我的计算.这是我的代码:
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#include <sys/time.h>
#include <assert.h>
#include <stdint.h>
void* aligned_malloc(size_t size, size_t alignment) {
uintptr_t r = (uintptr_t)malloc(size + --alignment + sizeof(uintptr_t));
uintptr_t t = r + sizeof(uintptr_t);
uintptr_t o =(t + alignment) & ~(uintptr_t)alignment;
if (!r) return NULL;
((uintptr_t*)o)[-1] = r;
return (void*)o;
}
int main(int argc, char* argv[])
{
const int vectorSize = 16;
int * n_arr = (int *) aligned_malloc(16 * sizeof(int),64);
int * lenS_arr = (int *) aligned_malloc(16 …我是领结新手。我正在尝试使用 Bowtie 进行端到端本地对齐。我收到此错误消息：
Could not locate a Bowtie index corresponding to basename "/bowtie2-index/hg19"
在我的安装中，bowtie2-index/hg19 文件夹中有六个 bt2 文件。我正在使用以下命令：
/opt/bowtie2/bowtie2-align-s --wrapper basic-0 -p 64 -x /mnt/miczfs/tide/bowtie2-index/hg19 -S /mnt/miczfs/tide/Data/chr2chr3/chr2chr3.sam -1 /mnt/miczfs/tide/Data/chr2chr3/chr2chr3.f1.fastq -2 /mnt/miczfs/tide/Data/chr2chr3/chr2chr3.f2.fastq
我想计算 CUDA 中数组所有元素的总和。我想出了这个代码。它编译没有任何错误。但结果始终为零。我从cudaMemcpyFromSymbol. 我不能使用任何库，如 Thrust 或 Cublas。
#define TRIALS_PER_THREAD 4096
#define NUM_BLOCKS 256
#define NUM_THREADS 256
double *dev;
__device__ volatile double pi_gpu = 0;
__global__ void ArraySum(double *array)
{
unsigned int tid = threadIdx.x + blockDim.x * blockIdx.x;
pi_gpu = pi_gpu + array[tid];
__syncthreads();
}
int main (int argc, char *argv[]) {
cudaMalloc((void **) &dev, NUM_BLOCKS * NUM_THREADS * sizeof(double));
double pi_gpu_h;
ArraySum<<<NUM_BLOCKS, NUM_THREADS>>>(dev);
cudaDeviceSynchronize();
cudaError err = cudaMemcpyFromSymbol(&pi_gpu_h, &pi_gpu, sizeof(double), cudaMemcpyDeviceToHost);
if( cudaSuccess != err )
{ …我有一个关于从全局CUDA内核调用设备功能的基本问题。我想调用设备函数时可以指定块和线程的数量吗？？？
我在前面发布了一个关于最小缩减的问题（在此处），我想在另一个全局内核中调用此函数。但是，归约代码需要某些块和线程。
我是Hadoop的新手,我的map-reduce代码可以工作,但它不会产生任何输出.这是map-reduce的信息:
16/09/20 13:11:40 INFO mapred.JobClient: Job complete: job_201609081210_0078
16/09/20 13:11:40 INFO mapred.JobClient: Counters: 28
16/09/20 13:11:40 INFO mapred.JobClient: Map-Reduce Framework
16/09/20 13:11:40 INFO mapred.JobClient: Spilled Records=0
16/09/20 13:11:40 INFO mapred.JobClient: Map output materialized bytes=1362
16/09/20 13:11:40 INFO mapred.JobClient: Reduce input records=0
16/09/20 13:11:40 INFO mapred.JobClient: Virtual memory (bytes) snapshot=466248720384
16/09/20 13:11:40 INFO mapred.JobClient: Map input records=852032443
16/09/20 13:11:40 INFO mapred.JobClient: SPLIT_RAW_BYTES=29964
16/09/20 13:11:40 INFO mapred.JobClient: Map output bytes=0
16/09/20 13:11:40 INFO mapred.JobClient: Reduce shuffle bytes=1362
16/09/20 13:11:40 INFO mapred.JobClient: Physical …