小编C. *_*ugh的帖子

这是我第一次遇到不使用女王拼写的问题：如果我调用autoplotwith ，colour=我会根据引用的变量得到着色的点，但如果我写color=参数将被忽略，所有内容都以黑色绘制。代码：

library(ggfortify)
library(cowplot)

pca_res <- prcomp(iris[1:4], scale = TRUE)

british <- autoplot(pca_res, data=iris, colour='Species')
us <- autoplot(pca_res, data=iris, color='Species')

plot_grid(british, us, labels=c('colour', 'color'))

这是它本身的问题ggplot2（我对此表示怀疑，我以前从未遇到过它），还是autoplot与ggfortify？我想将其报告为错误，但我不能 100% 确定问题出在哪里。谢谢！

在 RStudio 中，当我在我的 .Rmd 文件（代码>插入块或 Ctrl-Alt-I）中插入一个新的代码块时，默认情况下它具有 header {r}。我想让它默认为 knitr option {r, message=F}，我发现它可以产生更好的最终报告输出。有没有办法更改 RStudio 中的默认代码标头？谢谢！

我正在比较大型基因表达实验中重复样本之间的组内相关性，其中我有多个独立的生物组 - 想法是查看是否有任何组的相关性比其他组低得多，表明是潜在样本混淆或其他错误。

我正在使用 ggplot 来绘制每个重复对的表达式值。我还希望能够将相关系数和 p 值添加到我通过summarize和获得的图的每个面板中cor.test。您可以使用此代码来获得总体思路：在 中exp1，重复项是相关的，但在 中不相关exp2。

library(tidyverse)

df <- data.frame(exp=c(rep('exp1', 100), rep('exp2', 100)), a=rnorm(200, 1000, 200))
df <- mutate(df, b=ifelse(exp=='exp1', a*rnorm(100,1,0.05), rnorm(100, 1000, 200)))
head(df)
tail(df)

df %>% ggplot(aes(x=a, y=b))+
  geom_point() +
  facet_wrap(~exp)

group_by(df, exp) %>% 
  summarize(corr=cor.test(a,b)$estimate, pval=cor.test(a,b)$p.value)

这是我通过 生成的图ggplot，我手动添加了最后得到的 R 和 p 值。但是，当然，如果我有很多样本对要分析，那么能够在ggplot调用中自动添加这些样本对会很好。我只是不知道该怎么做。